非牙源性颌骨囊肿根据不同部位可出现相应的局部症状。球上颌囊肿：发生于上颌侧切牙与尖牙之间，牙常被排挤而移位。鼻腭囊肿：位于切牙管内或附近。正中囊肿：位于切牙孔之后，腭中缝的任何部位。鼻唇囊肿：位于上唇底和鼻前庭内。可能来自鼻泪管上皮残余。囊肿在骨质的表面。

非牙源性颌骨囊肿的诊断步骤参考牙源性颌骨囊肿。球上颌囊肿：X线示囊肿阴影在牙根之间，而不在根尖部位。牙无龋坏、变色，牙髓均有活力。鼻腭囊肿：X线片可见切牙管扩大的囊肿阴影，正中囊肿：X线片可见缝间有圆形阴影。亦可发生于下领骨正中线。鼻唇囊肿：X线示骨质无破坏现象。在口腔前庭外侧可扪出囊肿的存在。

非牙源性颌骨囊肿的治疗对策(一)非牙源性颌骨囊肿的治疗原则以外科手术治疗为主。囊肿波及的牙应尽量争取保留，只有在不拔除患牙难以达到根治囊肿的目的时，方可根据具体情况拔除患牙。较大的囊肿切除后，需消灭死腔，可根据情况采用人工骨材料或是自体髂骨移植。
(二)的术前准备参见牙源性颌骨囊肿。
(三)非牙源性颌骨囊肿的治疗方案上述非牙源性颌骨囊肿宜从口内做切口摘除，术后囊腔的处理同牙源性颌骨囊肿。术后观察及处理参见牙源性颌骨囊肿。出院后随访参见牙源性颌骨囊肿。