胎儿酒精综合征的新生儿多为小于胎龄儿，常伴小头畸形(提示有宫内脑发育不良)、小眼、面中部扁平、掌纹异常、先天性心脏病和关节异常等，大脑发育损害导致精神发育迟滞是最严重的后果。精神发育迟滞最常见且可预防的病因即为孕期饮酒。

胎儿酒精综合征的诊断：美国州立韦恩大学的研究人员在新一期<酒精中毒临床与实验研究>月刊上报道说，他们发现胎儿的胎便中含有的脂肪酸乙酯，是一种十分可靠的生物标志物，可以显示胎儿在多大程度上暴露于酒精环境中。这种生物标志物还可以用来研究酒精在胎儿发育过程中对大脑的影响等。人在饮酒时，酒精会在体内与某种特定脂肪酸结合，形成脂肪酸乙酯。这些生物标志物会沉积在人体组织当中，胎儿酒精也会在胎儿发育过程中存在于胎尿或胎便中。胎便是汇集于腹部小肠中的一种深绿色渣滓物，在胎儿出生或将近出生时排出。产前B超检查可能发现某些明显畸形儿。

胎儿酒精综合症是不能治愈的，因为中央神经系统受损是永久的，不过治疗仍是可能的。因为中央神经系统受损、征状、次级障碍及需要会按不同人而有所不同，并没有一种统一的治疗方法。相反，全面及基于病人需要的多模型方式才能有效。有几个治疗的模型现正被使用，很多研究认为多个治疗方法可以改善负面的影响。