HPV 感染通常无症状，而且多年后常常被人体清除。有许多感染者自始至终不知道自己感染过这种病毒。但高危类型的 HPV 引发的感染比较顽固，可持续很长时间。高危类型 HPV 的感染可导致子宫颈细胞发生改变，最终演化为癌症。同样，这一感染也可导致阴茎和肛门的细胞出现异常改变，但较为罕见。

无症状的 HPV 感染者
这种感染者一般无需治疗，至少目前不需要治疗。此时医生所要做的主要是预防出现问题。
如果是女性感染者，医生会取子宫颈细胞（类似于巴氏涂片检查）送往化验室进行检查以判断感染者身体的细胞中是否有 HPV 的基因物质或 DNA。这一检查可发现能导致严重问题的 HPV 类型。但对于男性感染者，没有类似的方法可以判断致癌的 HPV 类型。
如果医生发现女性感染了致癌的 HPV，会建议感染者经常复查巴氏涂片检查，以便及早发现可能出现的生殖器官细胞异常改变。宫颈细胞异常改变有可能是宫颈癌的警报信号。医生还有可能会进行阴道镜检查，做这种检查时，医生使用一种叫做阴道镜的放大设备详细查看感染者的宫颈、阴道和外阴。
如果是孕妇或正在备孕的女性，在开始 HPV 治疗前一定要告诉医生，因为治疗有可能影响到怀孕。此时医生会暂缓治疗，直到分娩后再进行治疗。
发现细胞异常改变后
如果 HPV 感染引发了可导致宫颈癌的细胞异常改变，医生可能会采取观望的态度。因为有时细胞改变——又称宫颈不典型增生、癌前细胞改变或宫颈上皮内瘤变——可自行痊愈。
如果医生认为异常改变的细胞需要治疗，通常会使用以下方法：

冷冻疗法：这一疗法使用液氮来消除异常细胞。
锥形切除术：这一治疗又称锥切活检，手术将切除异常区域。
激光疗法：这一疗法使用激光烧掉异常的细胞。
宫颈环形电刀切除术（loop electrosurgical excision procedure, LEEP）：这是一种使用电流来消除异常细胞的治疗方式。治疗的目标是清除所有的异常细胞，包括大多数或全部感染 HPV 的细胞。

出现生殖器疣后
与生殖器疣有关的 HPV 类型 6 和 11，往往生长大约 6 个星期后就会趋于稳定。而且，有些肉眼可见的生殖器疣即使不治疗也会自行消失。
如果确实需要治疗的话，医生会开具一些乳剂，患者可以在家自己治疗。有两种药物可选：

鬼臼毒素
咪喹莫特乳膏

普达非洛需要连续使用大约 4 个星期。它可以破坏疣组织。研究显示它可清除大约 45%~90% 的疣，但有时会复发。
咪喹莫特乳膏可通过增强免疫系统来抵抗病毒感染。同样，虽然它当时的效果不错，但也不是永久性的。
医生还会采用其他方法治疗疣，其中包括：

冷冻疗法：使用液氮冻掉疣。
三氟乙酸治疗：三氟乙酸是一种化学物质，使用时涂抹在疣的表面。
手术治疗：使用手术刀切除疣。
电刀烧灼治疗：用电流烧掉疣（电烙术）。
激光治疗：使用激光使疣气化。

HPV 主要通过性传播（阴道性交、肛交或口交），它可通过皮肤与皮肤接触传染。
HPV 能感染避孕套无法遮蔽的暴露皮肤，因此即使使用了避孕套，也仍然无法起到彻底的保护作用。
HPV 不会通过马桶座圈、游泳池传播，也不会经由感染者的血液传播。
彻底避免感染任何一种类型 HPV 感染的方式就是不要有任何形式的性生活，包括阴道性交、肛交和口交。
为降低感染 HPV 的风险，应尽可能减少性伴侣。此外，在选择性伴侣时，最好选择先前没有过性伴侣，或者有很少性伴侣的人。
Cervarix、Gardasil 和 Gardasil -9，这三种疫苗均可预防 HPV 感染。它们可用于 9~26 岁之间的青少年男女。
疫苗的预防对象主要是危险程度较高的 HPV 类型，所有三种疫苗均能预防 HPV16 和 HPV18 的感染。Gardasil 和 Gardasil -9 也可预防 HPV6 和 HPV11 感染，这两种类型的 HPV 导致了大多数生殖器疣。此外，Gardasil -9 疫苗还可预防高危病毒株 HPV31、33、45、52、58 的感染。