牡丹江医学院附属红旗医院儿科始建于五十年代初，在著名的医学专家胡秉章、于萍等带领下，培养了一批高级的儿科专业人才。儿科医疗队伍不断发展壮大，医疗水平不断提高，以成为黑龙江省东南部地区颇有影响的重点科室。每年都选派副高职以上的医师到北京﹑上海等地进修学习，使某些疾病的治疗达到了国家级的水平。 　　现有医师13人，其中主任医师3人，副主任医师6人，主治医师2人，医师2人。13名医师中有硕士研究生4人，在读研究生5人，其他3人均系大学本科毕业。护理队伍12人，其中主管护师4人，护师8人，均为专科以上水平。病房床位设置50张，设有两个门诊在不同的地点同时有专家出诊，日门诊量在百人以上。开展的医疗服务内容有:咨询(生长发育的评﹑价营养保健﹑计划免疫的指导);疾病的诊断与治疗。儿科现有蓝光治疗仪﹑婴儿高压氧仓﹑呼吸机﹑暖箱﹑监护仪﹑微量元素分析仪等各种设备。

牡丹江红旗医院妇产科教研室担任医学院本科和专科妇产科学全部理论和部分实践教学，承担医疗、教学和科研工作。这支古老而又年轻的队伍曾取得许多成绩，目前教研室无论从课程建设和师资队伍上都在逐年扩大,课程建设在不断完善,教学条件不断改善、教学改革在不断更新、教学管理不断进入科学化管理，妇产科教研室的发展正不断走向壮观。 　 　　目前，牡丹江红旗医院妇产科现有教师12人，教授4人，副教授3人，占58.3%；讲师2人，助教3人，35岁以下教师5人，占41.7%；硕士研究生4人，占33.3%；在读硕士研究生1人。力争在5年内将35岁以下青年教师都得到培训深造，建立一支年龄、职称、学历层次、科研能力等结构较为合理的师资队伍。 妇产科有先进的医疗设备如：阴道镜、宫腔镜、腹腔镜、酶标仪等仪器，能开展宫颈癌前筛查、宫腔内疾病的诊治、腹腔的微创手术及实验室的检查，为临床解决疑难病症提供科学依据。2002年开展宫腔镜检查与治疗技术，现以完成近400余人次病历、2005年5月阴道镜应用于妇产科临床，短短的二年时间共检查病人数近800余人次，提高了疾病的诊治效果；2006年2月腹腔镜技术应用于妇科临床，完成卵巢囊肿、宫外孕、子宫切除等手术，大大提高了诊疗水平。

牡丹江红旗医院骨科是牡丹江较早独立分出的专业科室之一，多年来一直为解除牡丹江市区的骨科病人的疾苦而不懈的工作。牡丹江红旗医院骨科技术力量雄厚，诊断治疗经验丰富，共有医师11人，其中主任医师、教授4人，副主任医师、副教授3人，主治医师、讲师3人医师、助教2人。全部是本科以上学历，其中博士1人，研究生4人。 　　科室主要治疗范围是：各种创伤、骨折、骨肿瘤、骨髓炎、腰间盘突出、颈椎病、骨结核、股骨头坏死、脊柱、四肢畸形的矫正、人工髋、膝关节置换等方面。在治疗效果上得到了广大患者的认可和高度的评价。在黑龙江东部地区有较高的盛誉。 　　牡丹江红旗医院骨科还有一个技术力量雄厚的护理队伍，9名护理人员，其中主任护师、教授1人，主管护师2人，护师（士）6人。她们技术熟练，经验丰富，服务热情周到，从疾病护理到生活护理都得到了患者的好评和赞许。2004年被评为外科系统典范科室。 　　这个科室自七十年代以来率先在牡丹江市开展了人工关节置换术，腰间盘突出症髓核摘除术、脊柱骨折的椎弓根系统固定术、颈椎病间盘切除植骨固定术和后路椎管成形术，处于牡市和省的先进水平。在治疗腰间盘突出症方面有一整套的治疗方法，有非手术疗法、手术疗法。近年来又开展了化学融核疗法和间盘镜等微创技术治疗腰间盘突出，收到了理想的效果。使治疗水平提高了一个新的台阶。 　　在治疗股骨头坏死方面，除传统的非手术疗法外，还可根据患病的不同情况，分别采取减压介入融栓，带血管蒂的骨瓣移植及人工股骨头，或人工全髋关节置换等方法治疗，使患者恢复正常功能重返生产岗位。对于各种类型的颈椎病，除传统的非手手术治疗外，他们率先开展了国内先进的颈椎前路和后路的手术治疗，使很多功能不良或半瘫痪的病人又重新站了起来。 　　在纤维外科方面，成功地进行多例断掌、断指、带神经血管的皮瓣移植等手术。近年来他们引进了Ｃ臂X线机，使病人在手术中或在病房内进行检查和治疗。大大提高了治疗水平和效果。引进的下肢关节功能锻炼器使术后病人免除了关节僵硬的并发症，为他们从返生产岗位争取了时间。 　　引进的骨密度仪是黑龙江省东部地区唯一的一台双能Ｘ线骨密度仪，该设备能测量各年令组的骨密度情况，能诊断骨质疏松，预测骨骼生理年令和骨折的危险系数，并能跟踪骨质疏松治疗效果，从此改变了盲目补钙的历史，为减少盲目补钙造成的经济上的浪费和补钙过多造成的并发症做出贡献。 　　牡丹江红旗医院骨科在显微外科的方面有独道之处，先后完成断肢、指再植、带血管蒂的皮瓣、骨块移植等的先进技术。牡丹江红旗医院骨科在牡丹江处于领先的学术地位，有黑龙江省骨科学术委员一名，东三省脊柱外科学会常务理事一名、理事三名。东三省骨质疏松学会常务理事一名，黑龙江省黑龙江省理事一名，黑龙江省康复医学会颈椎病专业委员会副主任委员一名，牡丹江市学会副主任委员和委员各一名。 　　牡丹江红旗医院骨科在医疗教学的同时还十分注意科研工作，曾获国家生产力转化科技成果一项、和牡丹市科技成果一等奖一项、每年发表学术论文6－8篇、承担省级科研项目二项。牡丹江红旗医院骨科常年与哈医大、省医院、北京积水潭医院、北京医大三院、上海医大附院进行业务协做。可根据病人需求请有关专家会诊及手术治疗，使病人在牡丹江市就能得到国家级专家的治疗。

牡丹江红旗医院肿瘤科成立于20世纪70年代，至今已有30年的历史，是我省东部地区最早成立的肿瘤放疗、化疗的专业科室，承担临床医疗、教学及科研工作。 　　牡丹江红旗医院肿瘤科现有医护人员12名（硕士研究生2人，大学本科7人，大学专科1人，中专2人），其中主任医师、教授2人，副主任医师2人，主治医师、讲师1人，主管护师4人，护师、技师2人，护士2人。其中黑龙江省医学会肿瘤专业委员会委员、牡丹江市医学会肿瘤专业委员会副主任委员、牡丹江市抗癌协会理事1人、中国抗癌协会临床肿瘤学协作专业委员会（CSCO）会员2人。 　　牡丹江红旗医院肿瘤科历经几代肿瘤治疗专家及医护人员的努力，医疗设备由科室成立初期的深部X线机、钴60治疗机逐步发展至今的高能X线直线加速器及光子刀治疗系统、高能聚焦超声肿瘤治疗机（超声刀）等，治疗设备日趋完善、技术更加成熟，积累了丰富的肿瘤放疗、化疗、综合治疗及毒副反应预防与处理的临床经验，很大程度上提高了治疗效果、减轻了化疗的毒副反应及并发症，使广大肿瘤病人完全接受了合理有效的治疗，达到了省内先进水平，取得了良好的社会效益，得到病人及家属的充分认可和赞誉。 　　牡丹江红旗医院肿瘤科的放疗、化疗技术水平和服务在我省处于领先水平。尤其是2000年12月引进具有国内先进水平的美国拓能公司研制的三维立体适形放疗系统（光子刀），是近年来牡市唯一一项肿瘤放疗特殊技术设备，填补了牡市精确放疗技术的一项空白，5年来成功地进行了脑肿瘤、鼻腔鼻窦肿瘤、颈部肿瘤、肺肿瘤、食道肿瘤、胸腺肿瘤、胰腺肿瘤、肝肿瘤、腹腔淋巴转移瘤、直肠肿瘤等多种原发性、复发性或转移性肿瘤共计180例病人，使由于肿瘤引起的头痛恶心呕吐、鼻塞、呼吸困难、咳嗽咯血、进食梗噎、腹痛腹涨腰痛、黄疸等相关症状消失，同时很好地避免了其他严重不良反应，比较轻松顺利地完成了治疗疗程。 　　2005年10月又引进目前具有国内先进水平的高能聚焦超声肿瘤治疗机（超声刀），利用高能量超声聚焦，在肿瘤区形成一个70-1000C高温治疗点（焦斑），产生瞬态高温效应和空化效应，。使肿瘤细胞蛋白质变性，产生凝固性坏死或变性坏死，失去增殖、浸润和转移能力。应用于腹腔、盆腔肿瘤如子宫肌瘤、前列腺癌、前列腺增生、肝癌（左叶）、胰腺癌、直肠癌、膀胱癌及原发性腹膜后肿瘤等。其特点是无创伤、无痛苦、并发症少、保全病变器官及功能、简便经济、可重复治疗。

牡丹江红旗医院口腔科创建于五十年代初期，1979年成立单独的口腔教研室，包括口腔门诊、口腔外科病房。我省著名的医学专家王世泽、戴玉成、郑金平、程俊超等先后担任口腔科的领导工作，以后数年口腔科与其他科室一样得到了迅速发展，加强了人才培养，扩大了服务范围，为牡丹江地区口腔医学的发展和人民健康做出了巨大的贡献。上世纪80年代随着改革开放的的步伐，口腔科得到了迅猛的发展，先后开展了坚固内固定技术、固定矫治技术、烤瓷及铸造技术等新技术，并涌现了一批如秦喜、石屹、栗巧玲、于学刚、李慧等省内外著名的口腔医学专家，使牡丹江医学院红旗医院口腔科始终处于牡丹江的领先地位。 　　牡丹江红旗医院口腔科现有教授3人，副教授3人，讲师2人，硕士研究生3人，开展口腔内科，口腔外科，口腔正畸和口腔修复的工作，有多人担任市、省、国家级专业委员会委员近10项，每年有多篇文章在不同级杂志发表，随着牡丹江医学院口腔医学专业的成立和招生，红旗医院口腔科也将得到长足的发展，为牡丹江人民的健康做出更大的贡献。

牡丹江红旗医院耳鼻咽喉科始建于上个世纪五十年代。其学术地位一直处于黑龙江省东部地区领先位置。享有较高声誉。目前科内有医护人员12人，其中高级职称6人，中级职称7人，在本专业临床、教学、科研工作中，发挥着重要作用。多年来，在全体医务人员的共同努力下，基本掌握了国内外的先进性技术和经验，并应用于临床，完成各种常见病，多发病的诊断及治疗工作，对本专业的疑难杂症及危重病人，诊断正确，抢救及时。如：鼻部、咽部、良恶性肿瘤的手术治疗，鼾症的手术治疗、慢性中耳炎并颅内并发症的手术治疗、气管异物、食道异物的治疗，鼻内窥镜手术及鼻出血及耳聋的治疗。 　　 　　张瑞迪主任是科室带头人，现任市专业委员会副主任委员。杨蕴维副主任现任市专业委员会委员。他们将带领全科医护人员，以高超的医术，优质的服务，为病人解除痛苦。 　　 　　近几年耳鼻咽喉科相继开展了鼻内窥镜下慢性鼻炎、鼻窦炎、鼻窦囊肿、鼻腔鼻窦肿瘤的手术治疗。对突发性耳聋的治疗取得了突破性进展。喉癌的治疗达到了国内水平。纯音测听及声阻抗检查，提高了耳部的诊断率，电脑微波治疗青少年鼻炎，疗效显著。吸引切割器、鼻内窥镜、纯音测听仪、电脑微波治疗仪、声阻抗、电脑喉镜、纤维喉镜。 　　耳鼻咽喉科近年来多次派人到上级医院进修学习，引进先进仪器与设备，提高了疾病的诊断率及治愈率。电脑喉镜、内窥镜可以与病人一起看到病变情况，使患者非常满意。同时开展了微创手术，如鼻内窥镜下治疗各种鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉及鼻腔、鼻窦良性肿瘤，支撑喉镜下治疗喉部良性肿瘤，局麻或全麻下行腭咽成型术治疗鼾症，全喉或部分喉切除加颈廓清术治疗喉癌均达到国内先进水平。