小儿泌尿外科是首都儿科研究所外科重点专业，每年收治大量病人，承担来自全国各地疑难病症诊治工作，在治疗肾积水、尿道下裂、尿道瓣膜、膀胱外翻及阴茎阴囊先天畸形等多种儿小泌尿系统疾患方面积累了丰富的临床经验，并保持很高的手术成功率。近年来开展微创手术如腹腔镜手术治疗肾积水、高位隐睾、重肾、肾发育不良，膀胱镜下尿道瓣膜切开均取得了良好效果，处于国内先进水平。

首都儿科研究所内科(小儿)常见病、多发病为主，并开设了神经专业、呼吸专业、内分泌专业、肾脏专业、血液专业、心血管专业、新生儿专业、消化专业门诊。现有的专家门诊、专业门诊均由副主任医师以上职称人员出诊，普通门诊出诊的医师也均是有3 年以上临床经验的主治医和高年住院医担任。全年就诊人数约在40万～50万人次。首都儿科研究所内科(小儿)为了方便患儿就医，内科 门诊全年无假日，每天早 8点至晚10点开诊。

　　新生儿科创建于1984年，1987年正式建立新生儿病房，现病床32张，病房每年收治患儿1000余名。 　　新生儿科拥有吴婉芳、徐放生、王秀芳、秦雨春、张伟、李莉，米荣、李铁耕等知名新生儿专家。 　　新生儿目前拥有专业医师12人，包括主任医师5人、副主任医师2 人、主治医师2 人，硕士学位5人，博士学位 1人，2人完成赴美国进修新生儿专业学习。.现有新生儿专业病房、新生儿专业门诊、新生儿专家门诊和新生儿实验室（临床实验室内）。 　　新生儿专业具有国内一流的诊治水平，一年收治病人数1000余人次。病床使用率100%，治愈好转率98 %，抢救成功率90%以上；出入院诊断符合率98%；七日确诊率98%；院内感染率2%以下。 　　借助首都儿科研究所雄厚的基础实力，新生儿专业对各种常见疾病和各种疑难重症的诊治积累了丰富的临床经验，自九十年代起本专业对各种新生儿肺炎病原包括：病毒、细菌、衣原体等开展了深入的研究，采用对因和对症的综合治疗方法，疗效显著。对其它感染性疾病包括宫内感染、乳儿肝炎等诊断治疗依据国际通用的可靠的检测手段，采用先进的治疗方案，得到同行普遍认可，对早产儿、化脓性脑膜炎、败血症、高胆红素血症、胆汁淤积症等危重症治疗均达到国内一流水平。 　　近年新生儿专业临床积极开展应用新技术，使得一些疑难重症的治疗达到国内外先进水平：1）巨细胞病毒pp65抗原检测诊断活动性巨细胞感染由新生儿科创建，已经应用于临床检测，接受院内外标本，为提高我所宫内感染诊断水平奠定基础。2）新生儿经外周血管中心静脉：在北京市率先开展，为危重、需要长期静脉营养的患儿提供了有用的静脉通道，减少了患儿的损伤。并应邀到外院交流。3）快速CMV病毒分离方法建立。4）丹参注射液治疗新生儿缺氧缺血性脑病：由我所新生儿科首先建立，通过动物模型和临床验证，已经被全国采用。5）新生儿外周静脉双通路同步换血术：减少换血损伤，提高安全性，在我所已经完全替代了经脐静脉换血术。6）CPAP治疗新生儿肺透明膜病：对家庭经济条件差的患儿进行治疗，分别对I、II患儿开展过治疗，取得了较好的治疗效果，减轻了家长的负担。7）色素失禁症临床管理和基因诊断，已经服务于大量各地的患儿。8）正逐步完善“胆汁淤积症”患儿临床诊断治疗和管理，以使其达到国际水平。9）开展了新生儿听力筛查。 　　新生儿专业获得多项技术成果：“溶血直接接种法”获北京市卫生局科技成果一等奖；“新生大鼠缺氧缺血性脑病实验研究”获北京市卫生局科技成果二等奖；“人乳蛋白制剂临床应用”获北京市卫生局科技进步二等奖；“新生儿缺氧缺血性脑病和窒息的研究”获北京市科技成果三等奖。共发表文章130余篇，其中核心刊物50篇。

中医科以中医药为特色治疗小儿常见病多发病。 　　呼吸系统疾病：中医、中西医结合综合治疗小儿上呼吸道感染、气管炎、肺炎、慢性咳嗽、反复呼吸道感染等。根据中医经络学开展内病外治法，如中药穴位外敷、中药穴位外敷结合脉冲微波配合治疗毛细支气管炎、喘息性支气管炎、肺炎、慢性咳嗽、鼻炎等疾病。 　　消化系统疾病：中医药配合捏脊按摩治疗小儿厌食、疳积、腹痛、便秘和腹泻等疾病。 　　小儿杂病：中医按摩、功能训练治疗小儿斜颈、脑瘫、脑发育迟缓和神经系统一些疾病的康复治疗.。中药配合耳穴埋豆综合治疗小儿遗尿、尿频等疾病。 　　治未病：根据中医治未病的思想开展了以未病先防、既病防变、病后调理为特色门诊，在每年“三伏”、“三九”开展中药穴位外敷预防小儿咳嗽、哮喘、鼻炎和反复呼吸道感染。对每一小儿个体体质在既病时给与辨证施治，防病传变；病后进行中药、饮食调理，养育指导，防病于未然。

眼科是一家专业的儿童眼病医疗机构，拥有一支由知名的儿童眼病专家、多名眼科学博士、硕士以及经验丰富的专业验光师组成的医疗团队。为更好地服务患者，本着以人为本、少花钱、看好病的原则，引进了国际先进的医疗设备和医疗技术，经过多年的临床探索，已形成一套全面、系统、规范的小儿眼病筛查、诊疗和预防策略，积累了丰富的临床经验。在儿童常见眼病和疑难眼病尤其在小儿泪道疾病、斜视和弱视的诊治、屈光不正的矫正及眼镜的验配、上睑下垂、皮样囊肿、早产儿视网膜病变的筛查、婴幼儿视网膜母细胞瘤、小儿眼睑及眼表疾病的诊治等方面都取得了显著的成绩。实行全年无假日正常门诊，为患儿提供优质的服务。 　　泪道阻塞、泪囊炎、泪囊脓肿是小儿常见眼病，首都儿科研究所眼科每年接待来自全国各地的泪道疾病患儿数千例，行泪道探通术的病例每年超过2000例，治愈率达95%以上。并且首都儿科研究所眼科泪道探通术费用低、治疗时间短（仅需几分钟），很多外地患儿在当地经多次手术治疗失败后在首都儿科研究所眼科专家的高超技术和悉心治疗下均得到很好的疗效，为此首都儿科研究所眼科在好大夫网上获得了患儿家长的高度评价。 　　斜视手术是首都儿科研究所眼科另一个重要的手术项目，包括对水平、垂直及旋转斜视的诊治，对小儿常见和疑难的斜视可进行准确的诊断。由于儿童配合程度欠佳并且需要全麻下进行斜视矫正手术，都给儿童斜视手术增加了难度。首都儿科研究所眼科根据儿童的特点，通过反复测量获得准确的斜视度数，在经验丰富的眼科专家手术后患儿斜视矫正效果满意，得到家长的好评。 　　小儿上睑下垂、霰粒肿、睑内翻和倒睫、皮样囊肿、先天性睑裂狭小综合症等不仅影响小儿的外观，有些甚至对小儿视功能发育产生影响。经首都儿科研究所眼科诊治的小儿不仅疾病症状得到缓解，而且外观改善满意，如外生性霰粒肿经过手术整形后瘢痕不明显甚至不见瘢痕。 　　眼科有经验丰富的验光师，对于门诊近视、远视、各种类型散光、弱视的患儿，可进行准确的检影验光，为屈光不正、临床眼镜的验配提供科学的诊治依据，为弱视患儿快速提高视力提供了可靠的保证。 　　此外，眼科亦开展了对小儿视网膜母细胞瘤等少见眼病的诊治，首都儿科研究所为儿童专科医院，在儿童肿瘤疾病的诊治方面积累了丰富的经验，首都儿科研究所眼科与肿瘤相关科室合作，对肿瘤患儿实行化疗、手术等治疗。