小儿泌尿外科是首都儿科研究所外科重点专业，每年收治大量病人，承担来自全国各地疑难病症诊治工作，在治疗肾积水、尿道下裂、尿道瓣膜、膀胱外翻及阴茎阴囊先天畸形等多种儿小泌尿系统疾患方面积累了丰富的临床经验，并保持很高的手术成功率。近年来开展微创手术如腹腔镜手术治疗肾积水、高位隐睾、重肾、肾发育不良，膀胱镜下尿道瓣膜切开均取得了良好效果，处于国内先进水平。

首都儿科研究所内科(小儿)常见病、多发病为主，并开设了神经专业、呼吸专业、内分泌专业、肾脏专业、血液专业、心血管专业、新生儿专业、消化专业门诊。现有的专家门诊、专业门诊均由副主任医师以上职称人员出诊，普通门诊出诊的医师也均是有3 年以上临床经验的主治医和高年住院医担任。全年就诊人数约在40万～50万人次。首都儿科研究所内科(小儿)为了方便患儿就医，内科 门诊全年无假日，每天早 8点至晚10点开诊。

中医科以中医药为特色治疗小儿常见病多发病。 　　呼吸系统疾病：中医、中西医结合综合治疗小儿上呼吸道感染、气管炎、肺炎、慢性咳嗽、反复呼吸道感染等。根据中医经络学开展内病外治法，如中药穴位外敷、中药穴位外敷结合脉冲微波配合治疗毛细支气管炎、喘息性支气管炎、肺炎、慢性咳嗽、鼻炎等疾病。 　　消化系统疾病：中医药配合捏脊按摩治疗小儿厌食、疳积、腹痛、便秘和腹泻等疾病。 　　小儿杂病：中医按摩、功能训练治疗小儿斜颈、脑瘫、脑发育迟缓和神经系统一些疾病的康复治疗.。中药配合耳穴埋豆综合治疗小儿遗尿、尿频等疾病。 　　治未病：根据中医治未病的思想开展了以未病先防、既病防变、病后调理为特色门诊，在每年“三伏”、“三九”开展中药穴位外敷预防小儿咳嗽、哮喘、鼻炎和反复呼吸道感染。对每一小儿个体体质在既病时给与辨证施治，防病传变；病后进行中药、饮食调理，养育指导，防病于未然。

眼科是一家专业的儿童眼病医疗机构，拥有一支由知名的儿童眼病专家、多名眼科学博士、硕士以及经验丰富的专业验光师组成的医疗团队。为更好地服务患者，本着以人为本、少花钱、看好病的原则，引进了国际先进的医疗设备和医疗技术，经过多年的临床探索，已形成一套全面、系统、规范的小儿眼病筛查、诊疗和预防策略，积累了丰富的临床经验。在儿童常见眼病和疑难眼病尤其在小儿泪道疾病、斜视和弱视的诊治、屈光不正的矫正及眼镜的验配、上睑下垂、皮样囊肿、早产儿视网膜病变的筛查、婴幼儿视网膜母细胞瘤、小儿眼睑及眼表疾病的诊治等方面都取得了显著的成绩。实行全年无假日正常门诊，为患儿提供优质的服务。 　　泪道阻塞、泪囊炎、泪囊脓肿是小儿常见眼病，首都儿科研究所眼科每年接待来自全国各地的泪道疾病患儿数千例，行泪道探通术的病例每年超过2000例，治愈率达95%以上。并且首都儿科研究所眼科泪道探通术费用低、治疗时间短（仅需几分钟），很多外地患儿在当地经多次手术治疗失败后在首都儿科研究所眼科专家的高超技术和悉心治疗下均得到很好的疗效，为此首都儿科研究所眼科在好大夫网上获得了患儿家长的高度评价。 　　斜视手术是首都儿科研究所眼科另一个重要的手术项目，包括对水平、垂直及旋转斜视的诊治，对小儿常见和疑难的斜视可进行准确的诊断。由于儿童配合程度欠佳并且需要全麻下进行斜视矫正手术，都给儿童斜视手术增加了难度。首都儿科研究所眼科根据儿童的特点，通过反复测量获得准确的斜视度数，在经验丰富的眼科专家手术后患儿斜视矫正效果满意，得到家长的好评。 　　小儿上睑下垂、霰粒肿、睑内翻和倒睫、皮样囊肿、先天性睑裂狭小综合症等不仅影响小儿的外观，有些甚至对小儿视功能发育产生影响。经首都儿科研究所眼科诊治的小儿不仅疾病症状得到缓解，而且外观改善满意，如外生性霰粒肿经过手术整形后瘢痕不明显甚至不见瘢痕。 　　眼科有经验丰富的验光师，对于门诊近视、远视、各种类型散光、弱视的患儿，可进行准确的检影验光，为屈光不正、临床眼镜的验配提供科学的诊治依据，为弱视患儿快速提高视力提供了可靠的保证。 　　此外，眼科亦开展了对小儿视网膜母细胞瘤等少见眼病的诊治，首都儿科研究所为儿童专科医院，在儿童肿瘤疾病的诊治方面积累了丰富的经验，首都儿科研究所眼科与肿瘤相关科室合作，对肿瘤患儿实行化疗、手术等治疗。