北京大学第三医院呼吸内科是一个设备完善，临床、科研和教学均颇具实力的优秀专业科室。2012年获国家临床重点专科建设项目奖。目前科室设置包括：呼吸普通病房2个（43张床位）、RICU（14张床位）、门诊、肺功能室、支气管镜室、睡眠呼吸监测室、雾化治疗室、戒烟门诊、药理基地和实验室。呼吸内科现有医护人员95人，其中医生42人，主任医师7人、副主任医师9人、主治医师8人,住院医师18人。呼吸科每年门诊量均超过6万人次；病房（包括呼吸危重）收治来自全国各地的患者逾千人次。呼吸重症监护病房每年抢救危重症近200余例，是医院危重病救治平台的重要组成部分。门诊开设了支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、鼾症及戒烟专病门诊，并定期开设专病患者健康教育大讲堂活动，为患者提供便捷、专业、个性化的服务。
　　呼吸内科临床与科研并重,处理疑难、急危重症能力强，对呼吸系统疾病进行了深入研究，在呼吸医学领域影响力大。呼吸科在慢性阻塞性肺疾病（COPD）等呼吸内科疾病研究领域内，一直处于国内领先水平。目前有多项研究成果获国家、省部级以及中华医学会的科研成果奖励。赵鸣武教授和姚婉贞教授曾经分别担任过中华医学会呼吸病学分会COPD学组首任组长和中国COPD联盟负责人，参与了我国COPD诊疗指南的制定工作，呼吸科先后参与了有关COPD的国家十五攻关和十一五科技支撑项目等研究。
　　呼吸科在国内较早独立开展了支气管镜以及内科胸腔镜检查，多年来积累了丰富的经验，新进开展了超声支气管镜、可弯曲内科胸腔镜检查，大大提高了呼吸疑难病症的诊疗水平。此外，呼吸科对于支气管哮喘、呼吸系统感染性疾病、尼古丁成瘾症、睡眠呼吸暂停综合征等疾病的诊治等均具有丰富经验。今后将进一步开展支气管镜下治疗、脱敏治疗等技术。
　　呼吸科具有较高的综合临床诊治水平，每年接受来自全国各地的大量患者前来就诊，并负责和接受北京及各地方医院的呼吸疑难、危重病人的会诊和转诊。许多不明原因发热、各种感染性疾病、风湿免疫疾病和系统性血管炎等疾病在呼吸科均得到了确诊和治疗。间质性肺病是呼吸系统的疑难病，呼吸科采用多学科合作和不同的肺活检技术对疾病进行临床和病理诊断，提高了该病的诊断和治疗水平。目前呼吸科联合放射科、病理科、胸科和核医学科成立了呼吸科疑难疾病会诊中心，为患者提供全方位、专业的诊治方案。