国家重点学科，重庆市高校重点学科，中国抗癌协会肺小结节诊治中心，重庆市胸部肿瘤微创治疗中心，博硕士学位授予点学科。
第三军医大学胸心外科学由我国胸心外科的开拓者吴英恺教授等创建于1944年,于1944年施行了我国第一例动脉导管结扎手术,是国内最早开展胸心外科手术的科室培养之一.之后经徐日兴、刘欲团、钟伯龙等教授的艰苦努力，在国内最早开展了食管和肺脏手术。1959年开展低温麻醉下心内直视手术，1964年率先在西南地区开展了体外循环下心内直视手术。为中国胸心血管专业外科的创立和早期发展做出了重要贡献。
　　第三军医大学新桥医院胸外科，成立于1952年，为国务院最早批准的胸心外科博士/硕士学位授予点，1953年即开始肺和食管手术，是国内最早开展胸外科手术的科室之一。以食管外科、肺外科、重症肌无力外科及胸腔镜微创外科为主攻方向。形成鲜明特色和国内领先优势。科室本着基础研究与临床诊治并重的原则，先后开展了胸部肿瘤的微创手术、晚期肺癌扩大化手术治疗、慢阻肺肺减容术、颈段食管癌根治、纵隔巨大肿瘤切除、婴幼儿胸壁巨大肿瘤切除及新生儿先天性膈疝修补等国内外高难度手术。并已施行心肺联合移植手术 。
　　目前胸外科拥有正副教授10名，博士研究生导师3名,硕士研究生导师5名，主治医师、讲师10名,医师,科研人员及护士等其他人员50余人。全科医师均具有医学博士学位。近年来，获军队及重庆市成果奖10项。其中军队科技进步二等奖和军队医疗成果二等奖3项，重庆市科学技术进步二等奖2项，军队医疗成果三等奖5项，承担国家 军队和重庆市科研课20余项,在《Surgery》《Anal of Surgery》等外科学领域权威杂志发表Sci论文40余篇。
　　胸外科目前拥有手术机器人、电视胸腔镜、呼吸机等大型设备，设备总值5千万余元。展开床位80张，监护床位20张，年门诊量30000余人次，月平均住院基础人数400人次，年收治量5000人次，年手术量1500余台次。手术均由教授及高级职称医师把关，亲自主刀手术及处置术后并发症。手术成功率达99%以上，手术病人年龄范围不断扩大，最小年龄为出生2小时的新生儿，最大年龄为86岁高龄老人。手术并发症极低，手术质量及手术例数居西南地区及重庆市前列。