重庆医科大学附二院肝胆外科系重庆市肝病治疗研究中心的支柱科室之一。创建于1960年，在我国著名肝胆外科专家李世英、高根五等老一辈专家的领导下，经过几代人的艰苦创业，科室不断发展壮大，1998年被确立为重庆市重点学科， 1998年、2001年成为博士学位授权学科和临床医学博士后流动站，2002年成为重庆市微创外科中心，目前该学科已成为集医疗、科研和高层次人才培养为一体的大型肝、胆、胰、脾疾病治疗中心，拥有固定床位84张，年收治病人3000余人次，年开展手术2000余台。并成为美国史赛克腹腔镜“川、渝、黔”技术人员培训中心。
　　科室技术力量雄厚、人才结构合理、诊疗技术先进，拥有优秀的三级医疗人员及训练有素的护理队伍，现有现有教授3名、副教授5名，博士导师2名、博士后指导教授1人、硕士导师6名。1人为国家新世纪百千万人才工程国家级人选，重庆市学术技术带头人及重庆市学术技术带头人后备人选各1人，重庆市器官移植专业委员会委员2人。已累计招收培养博士后7名，博士32人，硕士130余人，留学生3人。科室现已发展成为重庆市优势重点临床专科，硕、博士点和临床医学博士后流动站及留学生临床教学基地。
　　科室医生诊疗技术先进，在肝胆疾病微创手术治疗、肝硬化的外科手术治疗及复杂胆道疾病的治疗方面优势突出。现任科主任及微创外科主任龚建平教授系重庆市最早开展腹腔镜胆囊切除术的创始人之一，创造了10000余例手术无并发症的记录。
　　至2007年来已成功开展了包括重庆市首例肝肾联合移植在内的各种肝移植手术32例。参照《卫生部肝脏移植技术管理规范》，今年该科再次由卫生部认定已具备了利用心脏死亡捐献供肝开展临床肝移植的必要设施和技术手段，批准实施肝移植。同时医院投入1600余万元改建层流病房、购置设备、人才培养、支持创新及科学研究。标志着科室在肝、胆、胰、脾及门脉高压症等疾病的外科治疗方面已达国内先进水平。
　　科室坚持依托医院优势创特色，通过拓宽专科内容，丰富专科手段，增强专科功能，提高专科水平，在不断推进学科建设的同时，使自身专科特色更为鲜明。科室拥有国内一流的先进诊疗设备，包括电子纤维十二指肠镜、胆道镜和多功能电视腹腔镜、射频消融治疗仪等，已形成以外科病房、重症监护病房和肝胆外科实验室为要素板块，人才、技术、设备为支柱平台，肝、胆、胰、脾和门静脉高压症的外科治疗为主要内容，电视腹腔镜胆囊切除术、胆道镜和纤维十二指肠镜“三镜”治疗胆胰疾病及门静脉高压症与肝癌的手术治疗为技术特色，肝移植为重点研究发展目标的合理布局。治疗疾病包括肝胆胰脾系统如胆囊结石、胆囊息肉、胆囊癌、肝内外胆管结石、肝癌、胆管癌、胆管囊肿、肝囊肿、肝血管瘤、急性重症胰腺炎、胰管结石、胰腺癌及壶腹部肿瘤、肝硬化脾亢、脾破裂等。
　　科室在科研方面硕果累累，肝胆外科实验室系重庆市重点医学专科实验室，在肝硬化、肝癌及枯否细胞的生物学行为、感染、免疫等肝胆外科应用基础研究方面取得了一系列具有重要理论意义和实用价值的学术成果，2000年参加科研项目获国家科技进步奖一等奖，多次获省市科技成果奖。2006年龚建平主任从英国研修回国，首先在国内开展Kupffer细胞在肝脏感染及脂质代谢的机制研究，研究获得国家自然科学基金的资助。近5年已经获得国家自然科学基金、中国博士学科点专项基金等国家及省部级科研项目20余项，受邀国际学术会议发表主题演讲8次。迄今已在国内外各种刊物发表论文260余篇，其中SCI文章40余篇，参编外科专著2部，多次获国家省部级科技成果奖。目前综合实力处于西南领先地位，且取得了良好的社会和经济效益。