骨科（矫形外科）是全国儿童医院中最早成立的专科之一。由我国小儿骨科创始人之一的梁猷惠教授、刘正全教授创立于1963年。先后有教授7名，副教授4名，讲师4名；其中博士生导师1名，硕士生导师5名；博士6名，博士后3名，硕士4名。先后6名学术带头人是全国小儿骨科专委会委员，现1人担任中华医学会小儿外科骨科组委员，同时也在其它各级学术团体任职。建院50多年以来，在医疗方面对小儿骨关节及肌肉系统疾病、运动系统创伤、先天性畸形的诊治方面进行卓有成效的研究和探索，取得了巨大的成功。
　　近年先后派遣多名骨干到欧美国家著名大学及港澳地区研修学习，并长期保持交流互访，学术水平和医疗技术已达到国内先进水平，如脊柱侧弯畸形、先天性髋关节脱位、马蹄内翻足畸形、斜颈、股骨头缺血性坏死、大脑性瘫痪、小儿麻痹后遗症、肢体不等长、矮身材等疾病的手术和非手术治疗、康复治疗均取得了显著成效。在先天性马蹄足畸形、先天性肌性斜颈、股骨头坏死的病因研究及早期诊断及治疗方面达到国际先进水平并享有极高的知名度。在小儿脊柱外科方面，率先在SSEP监测下开展脊柱侧凸矫形术，手术安全性得到明显的增加，在全国居于领先地位；近年引进世界上最先进的三维脊柱矫形的CD技术，并在脊柱矫形手术中采用较SSEP更为先进的脊髓神经监护仪进行MSEP动态监护，使脊柱畸形矫正手术安全性极大限度地提高，获得更佳的矫正治疗效果。
　　2005年在全国及西南西北地区首家引进先进微创技术——弹性钢针治疗儿童四肢长骨干骨折，并采用Orthofix外固定架治疗儿童肢体不等长、骨不连接、四肢及骨盆复合创伤病儿，取得了优良的治疗效果；在足畸形治疗方面引进Mckay及Carroll手术，使马蹄足的治疗效果显著提高，治疗结果更加人性化，受到央视专题采访和报道，深受病儿及家属的好评。
教学方面：承担小儿外科国家级继续教育的讲学，承担儿科系五年制、七年制及研究生的讲学任务。
　　科研方面：承担国家“863”子项目一项；重庆卫生局重点项目一项以及重庆市科委、卫生局、人事局等科研项目十余项；发表论文140余篇，EI、4篇，专利三项，著作四部。
　　设专科门诊每周1～7上午，周一、二、三下午。每年诊治专科患儿近2万人次（其中包括来自广东、广西、新疆、福建、西藏、贵州、云南、湖北、四川、河南、山东、浙江等全国20多个省市的患儿）。目前，病房开放床位五十四余张，每年完成大中型专科手术1000余台，同时还有大量专科疑难病例得到诊治。我院是重庆市残疾儿童唯一定点治疗单位。
　　本专科培养博士、硕士二十多名，每年为全国各地培养不少的儿童骨科专业人才及进修人员。本专业富于活力，团结协作，勇于开拓进取，不断采用新技术，新方法，提高医疗质量，更好地为广大儿童的健康服务。
　　二、专科特色
　　1. MSEP动态脊髓神经监护下，采用三维CD技术矫正脊柱侧弯畸形以及各种脊柱畸形，技术先进，安全性极高。
　　2.采用Mckay及Carroll手术，使儿童马蹄足的治疗效果达国内一流水平。
　　3.先天性髋脱位的治疗是骨科的传统强项，其治愈率在国内处于领先水平。
　　4.微创手术（包括弹性钢针治疗长骨骨折、闭合复位内固定治疗骨端骨折）治疗各种骨折，创伤小，骨折愈合快，皮肤外观好，功能恢复快，疗效好。
　　5.各种骨折后畸形的矫治，尤其是骨骺损伤，疗效独特。
　　6.先天性肌性斜颈的病因研究及早期诊断及治疗方面处于国内领先水平并享有极高的知名度。
　　7.儿童股骨头坏死的病因研究及诊治水平处于国内领先水平。
　　8.Orthofix外固定架治疗儿童肢体不等长、复合创伤及骨不连。
　　9.儿童骨关节系统疑难及少见病骨囊肿、骨纤维结构不良、高肩胛的治疗有丰富的经验。
　　10.对儿童大脑性瘫痪治疗有一整套成功的经验和方法。
　　11.运用关节镜技术治疗儿童各类关节内疾病，手术微创，治疗效果好。