西安交通大学医学院第二附属医院儿童病院（儿科）成立于1937年，是西北地区最早创立的从事现代高等医学教育的大学附属医院儿科，历经时代变迁和发展，目前已经发展成形成了具有独特的医疗特色儿童专科病院。特别是2011年3月成立了儿童病院，使专业研究和诊疗方面的优势进一步发挥，在全省、西北地区乃至全国都具有一定的影响。目前儿童病院由一楼病区、二楼病区和新生儿病区组成，现有医护人员103名，医生32名，高级职称12名，博士、硕士学位医生20余名。开设病床数80张，设小儿呼吸、神经、消化、心肾、血液、内分泌、新生儿专业。
　　儿科神经专业
　　是国内最早成立小儿神经专业的单位之一，专科学术带头人黄绍平教授担任儿童病院常务副院长、小儿内科主任、儿科教研室主任等行政职务，兼任中华医学会全国小儿神经学组顾问、中国抗癫痫学会理事、陕西省儿科学会副主任委员等学术职务；同时担任《中国儿童保健杂志》副主编，受聘为《中华儿科杂志》等国内权威专业学术期刊编委、是国内知名的小儿神经系统疾病诊疗和研究专家。专业组在小儿癫癎、智力低下、脑性瘫痪、脑炎、脑膜炎、偏头痛、肌肉病及遗传代谢病等疑难疾病诊治，获国家自然科学基金3项及陕西省政府科技进步二等奖。
　　小儿内分泌专业
　　小儿内科是陕西省开展小儿内分泌系统疾病诊治较早的单位。开设小儿内分泌专科生长发育门诊，内分泌疾病诊断技术先进。在儿童身材矮小，性早熟、青春发育异常，儿童肥胖，儿童糖尿病，甲状腺疾病、肾上腺疾病等小儿内分泌疾病的诊治上具有丰富的临床经验和显著的疗效。医疗特色：儿童及青少年身材矮小的评价和治疗；儿童性早熟的诊断、分型和治疗；儿童肥胖症及肥胖相关疾病综合评价，自创儿童“3+2”减重法；小儿糖尿病的诊治以及糖尿病酮症酸中毒的抢救。小儿内分泌专业是儿科博士培养方向之一，有一支临床科研能力较强的团队。学术带头人肖延风，博士，博士研究生导师，教授，科室副主任，担任省市级学会副主委、委员，多家学术杂志编委。主持多项国家自然科学基金和省级科研课题。在小儿肥胖、矮小症的发病机制、诊治方面具有深入研究。
　　小儿血液专业
　　小儿血液专业是西北地区儿科成立血液专业最早的单位之一。从上世纪70年代开始收治白血病、贫血、淋巴瘤等各类小儿血液病。配备有层流间，以及儿科血液实验室。是陕西省新农合急性白血病大疾病保险指定医院之一。在小儿贫血、再障、血小板减少、白血病、淋巴瘤、骨髓增生异常综合征等各类小儿血液系统疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验和无数成功案例。在临床和科研上均有很强的实力，是儿科博士培养方向之一。学术带头人肖延风，博士，博士研究生导师，教授，科室副主任，担任省市级学会副主委、委员，多家学术杂志编委。承担省市和国家多项课题，在儿童铁缺乏、白血病方面进行了深入研究，获陕西省科技进步二等奖。
　　呼吸与哮喘专科
　　小儿呼吸专业是该科重点专业之一，现有呼吸道病原和变态反应实验室，开展呼吸道病原学检测，过敏原血清学和皮肤点刺试验及肺功能检测，为临床提供快速准确的诊断。儿童哮喘专业创建于1997年，为中国儿童哮喘协作组成员，是国内最早开展儿童哮喘规范化治疗管理和健康教育的单位。门诊有“儿童哮喘专病门诊”，对哮喘患儿进行治疗与管理。专科学术带头人侯伟教授、科室副主任、党支部书记，中华预防医学会陕西省儿童保健学会副主任委员，陕西省儿童哮喘防治协作组副主任兼秘书，陕西省变态反应学会委员，中华医学会陕西省儿童保健学会委员，西安市儿科学会常委，《中国儿童保健杂志》、《美国呼吸与重症监护杂志儿科专刊（中文版）》编委。专业组对小儿呼吸系统各种疾病，如儿童哮喘、肺炎、慢性咳嗽与反复呼吸道感染及呼吸道疑难疾病的诊断和治疗具有丰富的经验。
　　新生儿专业
　　新生儿专业早在上世纪六十年代率先在西北地区开展了新生儿溶血病换血疗法，救治了大量高危新生儿，在新生儿缺血缺氧性脑病、黄疸、败血症等疾病诊治经验丰富，2012年成立了新的新生儿病区，学术带头人王惠萍，儿内科副主任，病区专业治疗新生儿以及早产儿疾病。
　　儿童心肾免疫
　　儿科心脏、肾脏、风湿免疫治疗专业组学术带头人毛云英教授，硕士生导师。擅长治疗小儿各种心脏、肾脏、风湿结缔组织等疾病，用中西医结合治疗小儿各种急慢性肾病，获陕西省政府科学技术进步三等奖。