上海中山医院消化科由著名内科学家林兆耆教授于1953年创立，1978年正式建科，朱无难教授任首任主任。1983年，刘厚钰教授任主任。1999-2009年，王吉耀教授任主任。现任主任为沈锡中教授。消化科拥有一支高水平的专业队伍。专科门诊每周6天，由副教授和主治医师轮流坐诊；每周6天均开设专家门诊。2012年门诊人数已逾20万人次，其中专家门诊逾6万。目前中山医院消化科设有两个独立的病区，共有核定床位106张，2012年出院人数达4100人次。住院病人多为来自全国各地的疑难重危病人，临床综合实力强，诊治水平高。是卫生部专科医师培训基地、国家药品监督管理局中山医院临床药理基地单位、内科博士点和博士后流动站。设有自身免疫性肝病、脂肪肝、慢性病毒性肝炎、慢性肝病、幽门螺杆菌、內镜治疗、肠道疾病、胃食管反流等专病及特色门诊。是我国最早开展肝穿刺的单位之一，病理诊断水平全国一流。消化科每周开展科内业务学习，包括最新研究进展及疑难病例讨论，每月一次临床病理讨论（和复旦大学上海医学院病理科、中山医院病理科联合），每年主办国家级继续教育项目两项：肝病治疗进展学习班、循证医学与临床实践学习班。在国内首先提出循证医学的概念，并将临床流行病学研究应用于胃肠以及肝脏病学研究，处于国内领先水平。在慢性肝病诊治、肝纤维化机制、內镜治疗等领域的研究水平名列全国前茅，承担多项国家自然科学基金研究课题、上海市科委和863课题。研究成果“幽门螺杆菌关键致病因子CagA、 VacA的生物学特性及其临床应用”获国家科技进步二等奖 （第二完成单位） （2007）、“肝纤维化细胞分子机制与治疗策略”获上海医学科技一等奖及中华医学科技三等奖（第一完成单位）（2008）、“消化道肿瘤及慢性肝病靶向纳米药物载体研制”获上海科技进步二等奖及教育部科技进步二等奖（第一完成单位）（2007）、“慢性乙型病毒性肝炎肝纤维化非创伤性诊断体系的建立及其诊断价值的研究”获上海医学科技二等奖（第三完成单位）（2006）、“慢性乙型病毒性肝炎肝纤维化非创伤性诊断和氧化苦参碱的治疗作用” 获中华医学科技三等奖（第三完成单位）（2006）。目前消化科共有医师31名（不包括在大内科进行规范化培训的住院医师），包括正高5名、副高10名、主治医师14名、完成规范化培训的住院医师2名。其中获博士学位20人，硕士学位9人，学士学位2人。