HPV有个显明的特点，就是喜欢在比较湿润的环境中生长。女性的宫颈就恰恰是这样的环境，尤其是宫颈鳞状上皮与柱状上皮交界处（叫宫颈上皮移行带或转化区），上皮鲜嫩，性生活时容易受伤，HPV病毒很容易地通过伤口进入宫颈最深层的未分化细胞内。如果被感染者的免疫力足够强大，这些病毒尚不能与宿主细胞的染色体结合，而是随着细胞的更新到达宫颈上皮的表面，被排除体外，即所谓的一过性感染，也就不会有宫颈癌的发生。
这个过程，小于30岁的患者平均为8个月，大于30岁的患者平均6-24个月；如果被感染者的免疫力不够强大，这些病毒DNA就会与宿主细胞的染色体结合，形成持续性感染，导致宿主细胞的染色体不稳定，DNA复制转录紊乱，发生宫颈上皮内病变（也叫瘤变）。这种情况，大约占所有被感染者的10%
宫颈的上皮内病变可以逆转，也可以保持不变，少数继续发展，才可能成为宫颈浸润癌。这个过程，平均8-12年，因而也就为宫颈癌的筛查提供了时间上的条件。只有极少数人发展很快，从感染HPV到浸润癌以月而非年计算，以致不能明显显示上皮内病变阶段。