儿科成立于1956年。1963年医院改为广州市中医医院后，一批名老中医调入医院，包括省名中医区少章，使儿科拥有强大的中西医力量。几十年来，儿科一直保持较多的门诊量，较高的住院率及治愈率，治愈了不少疑难重症，成功抢救多次群体意外事件如集体氯气中毒、集体食物中毒，以及成功救治近年的重大公共卫生事件如婴幼儿肾结石、SARS、手足口病、甲型流感等患儿，为市民的健康做出极大的贡献。
　　近年来，儿科病房条件大大改善，技术力量雄厚，医疗设备不断更新。目前儿科配备门诊、病房、急诊三套医务人员，其中有广东省名中医1名，主任医师4名，副主任医师6名，主治医师、住院医师多名以及包括广东省南粤优秀研究生在内的博士研究生、硕士研究生多名。儿科开设有咳喘专科、小儿杂病专科、消化专科、肾病专科、饮食疗法专科、儿童性早熟专科、儿童多动症专科、疳积专科、过敏性疾病专科、地贫专科以及儿童保健等专科。尤其咳喘专科采用中西医结合、防治结合、饮食疗法等治疗小儿呼吸道疾病，如支气管炎、肺炎、喘息性支气管炎、支气管哮喘、过敏性咳嗽等多种疾病，疗效卓著，深受广大群众好评。儿童性早熟专科还吸引了许多远在南京、杭州、海南等外地病人来该院就医。病房、门诊均运用针四缝、捏脊、拔火罐、穴位贴敷等传统中医手段及雾化吸入等现代医学方法治疗各类儿科杂病及开展儿童保健，疗效满意。总院儿科及同德门诊儿科均开设了24小时儿科急诊服务，五羊门诊儿科有白天门诊应诊，随时为群众服务。
　　成立了儿科教研室，承担广州中医药大学、广州医科大学等多所高校多个专业学生的实习带教任务。有硕士生导师2名，培养了十多名儿科研究生。有多项科研课题分别获得广东省自然科学基金、广东省中医药局、广州市卫生局的资助，其中一项获广东省科技奖三等奖，并参与了国家科技支撑计划中医小儿腹泻的合作课题研究，医、教、研力量雄厚。