南京市中医院针灸科现有江苏省名中医1名，以传统针灸技术为特长，集医疗、教学、科研和国际针灸培训为一体的中医针灸特色医疗机构，科室开展针刺、艾灸、耳压、火罐、穴位注射、穴位贴敷、经络整脊、穴位按摩、刮痧、刺络放血、火针等传统治疗，还引进先进设备开展低周波理疗、中药离子透入、牵引等治疗项目。
　　针灸科擅长综合治疗所有针灸适应症，尤其对中风偏瘫、面瘫、肥胖病、失眠症、腰椎间盘突出、颈椎病、肩周炎、带状疱疹、支气管哮喘、脊柱相关病、便秘、胃脘痛、化脓性中耳炎、男性不育、面瘫、头痛、儿童近视、脑瘫、类风湿等病的治疗取得了较好疗效，在省内外有较高的声誉。
　　近年来开展了“针刺治疗单纯性肥胖病的临床及机理研究”、 “穴位注射治疗萎缩性胃炎临床规范化研究”、 “针刺丰隆穴降脂作用的临床研究”、 “针灸治疗慢传输型便秘的临床研究”、“电针结合康复治疗中风后肩关节半脱位临床研究”等多项课题研究并获得多个科研奖项。每年吸引大批国内和境外学生的前来临床实习，在海内外享有较高的知名度。

科室特色：
1、腹针技术
2、头针
3、穴位埋线
4、经络整脊疗法
5、针刺运动疗法