广州市妇女儿童医疗中心口腔科由珠江新城院区口腔科门诊、病房，儿童院区口腔科门诊、病房及妇婴院区口腔科组成，是广州市医疗卫生机构重点专项小儿五官科重要组成专业，现有医师24人，门诊专科护师多名，其中正高职称医生4名，副高职称3名，及多名拥有丰富诊疗经验的主治医师；硕士生导师2人，16名医师具有硕士以上学位。
　　口腔门诊现配置设备有23台口腔综合治疗台、西诺德数字化口腔颌面全景X光机、赛特力数字化牙片机、进口种植机、进口光固化机、超声波洁牙机、口腔超声波综合治疗机、口腔X光自动洗片机、根管长度测量仪、机用根管预备设备等，珠江新城院区还拥有按国际标准设计的门诊手术室及设备完善的口腔技工室，完备的诊疗设施及优越的诊疗环境使患者在更舒适、更快捷条件下完成口腔各项检查与治疗。口腔科门诊采用进口牙科器械消毒设备，保证了一人一机和所有操作器械的清洗和消毒，尽最大限度的避免了诊疗操作中的交叉感染。
　　目前高峰期门诊量超过300人次/天，居广东地区儿童口腔专科就诊人数首位。口腔门诊优势业务包括：儿童口腔疾病的预防及诊治、牙列不齐的矫治、美容牙科、牙列缺失缺损的活动固定修复、种植修复、完善根管治疗、孕前口腔准备、孕期口腔疾患的诊治等；特别是开展先进的口腔镇静、镇痛技术，为恐惧口腔诊疗的年龄小、合作性差的患儿提供安全、舒适、具有特色的治疗。这种镇静下的儿童口腔治疗，在广州市内尚属首见，在华南地区也处于领先水平。以往对此患儿，医生操作往往非常困难，一般需要进行强制性束缚，容易造成治疗时意外受伤，也会给患儿留下心理阴影，使其对以后的治疗产生强烈的抗拒。现在经过短短几分钟的诱导，患儿即进入镇静状态，在“睡觉”的状态下进行治疗。治疗结束后，停止吸入药物几分钟，患儿就会醒过来，半小时后即可离院。
　　口腔病房现有专业病床26张，手术范围包括：唇腭裂手术、儿童及妇女颌面部肿瘤、创伤、感染、颌面颈部发育畸形、颌面部美容手术等。目前年收治患者1500人次，年手术量达1200余台，是国内三甲医院最早开展婴幼儿早期腭裂手术及婴儿期唇、腭裂同期手术的专科，是国内最先开展新生儿唇裂鼻撑及术前正畸治疗的单位之一，并成立了华南地区第一个唇腭裂序列治疗中心，有着中心优势的婴幼儿麻醉和监护条件，同时在口腔正畸、心理、听力、语音方面，采用多学科协作方式，从而达到最佳的语言能力及颌面形态，以防止颅颌面畸形，语言障碍，心理问题和听力损伤。与传统的单纯手术修复相比，由多学科组成的治疗小组对唇腭裂患儿实行综合治疗和管理显示出明显的优势。目前完成唇腭裂序列治疗手术超过8000余台。而“婴幼儿唇腭裂序列治疗的相关研究”及“婴儿期腭裂手术治疗的临床研究”分获多项省市科技进步奖及宋庆龄儿科医学奖等。
　　科室非常重视人才的培养及专业技术水平的提高，多次举办各级继续医学教育学习班。医护人员经常参加国际、国内的专业学术交流，与加拿大、美国同行进行交流，派科室骨干进修学习。同时接纳全国各地儿童医院的专科医师进修，为广东珠三角地区、南京、郑州、昆明等地儿童医院、妇幼保健院的口腔工作提供技术支持。