自1958年建院以来，消化科一直以专科小组的形式进行医教研工作，85年创建消化科，并在郑芝田、李益农、林三仁等国内著名专家的领导下，得到了很大的发展。现在消化内科共有病房、门诊、急诊、内镜室、X线室、和实验室等6部分。其中实验室包括病理室、细胞室、生化室、生理室、免疫室。1985年又经北医批准成立北京医科大学消化疾病研究中心，这些组成确立了消化科的组织和领导形式，标志着消化科已形成一个完整、独立的诊疗和科研体系。
　　新诊疗法的创立及应用包括科室于1992年首先对于小于2cm直径粘膜层早期胃癌行内镜下粘膜切除术，为国内首创。对于小于2cm直径的胃粘膜下肿瘤行内镜下切除成功，也为国内率先开展，内镜下胃造瘘术已获成功，为国内领先。血清及胃液自发荧光光谱诊断消化道肿瘤，敏感性已达90％，特异性已达到85％，并经1000例患者验证，在实验室方法诊断胃癌发面开创了新途径。
　　常规诊疗方法的应用技术有急诊胃镜检查，各种治疗内镜技术如胃肠道息肉切除术、消化道出血内镜止血、食道静脉曲张硬化治疗、胃肠道狭窄扩张术、异物钳取；ERCP+EST；近年来又开展了胶囊内镜，推进式小肠镜等检查手段。各种肿瘤抗原的检查如CA199、CA125、CEA；PCR技术的临床应用，如乙肝病毒的检测；胃肠道粘膜活检病理检查；碳13尿素呼吸试验等。
　　现任主任周丽雅教授，全科共计41人， 其中主任医师7人，副主任医师5人，副研究员1人，副主任技师1人，主治医师或助理研究员11人，承担医疗、教学以及临床科研工作。
　　1980年，科室率先引进日本先进技术－胃肠道双重对比造影，并在我国推广应用，使我国X线胃肠道诊断技术得到大大提高。溃疡病发病机制及治疗的临床研究属国内领先，在这一基础上针对幽门螺杆菌感染与相关胃疾患的研究，特别是与胃癌关系的研究正在深入中，并获得国际多项合作研究项目，目前这一研究已取得重要进展。胃癌的早期诊断及治疗研究连续两次获得国家七五、八五攻关课题。早期胃癌诊断率达到47.1％，已达到国际先进水平，该课题并于1991年荣获卫生部科技进步三等奖及1992年荣获光华科技基金三等奖。
　　2006年，内镜室建筑面积增至600余m2。 2007年，在富士能公司投资基础上，消化科成立内镜培训中心，成为全国消化医师正规内镜培训基地。目前内镜室拥有以下先进设备：电子内镜主机，Doppler电子超声胃镜（环扫、扇扫、小探头），胶囊内镜，电子双气囊小肠镜，新型电子结肠镜，新型电子十二指肠镜，内镜超声微探头，超细经鼻胃镜，电子放大内镜+FICE系统。消化科病理室拥有Nikon 80i显微镜，Nikon SMZ1500实体显微镜等。消化科胃肠造影室则拥有东芝数字胃肠X光机的先进设备。
　　2007年消化科与普外、肿瘤科联合建立消化系统肿瘤诊治中心，为更好对肿瘤患者进行及时有效治疗提供了平台。