南京市妇幼保健院儿科是医院的一级科室，设有新生儿科病房、母子病房、门诊输液室、24小时门急诊。主要引进先进的新生儿常频、高频呼吸机氧疗，外周静脉中心置管术（PICC），新生儿换血疗法，新生儿全静脉营养，新生儿窒息复苏等新技术，每年收治新生儿约1500人左右，其中早产儿约250-300人，极低出生体重儿约25-30人，抢救危重病儿数约200-300人次。自建科以来住院患儿病死率逐年下降，早产儿抢救存活率大于95%，超低、极低出生体重儿抢救存活率在80%以上，均居国内一流水平。近年来，该科先后承担了多项省市级课题，并获得多项省、市、院级的奖励，并于2004年9月成立新生儿窒息复苏培训中心。

　　服务项目：
　　南京市妇幼保健院儿科目前已经开展新生儿缺血缺氧性脑病及颅内出血的救治、新生儿呼吸衰竭的抢救（包括呼吸机高频通气）、新生儿感染的诊治、新生儿高胆红素血症的诊治（包括换血疗法）、先天性心脏病及先天畸形的诊断、早产儿、极低体重儿的抢救（包括静脉营养）、高危儿随访与干预、新生儿听力筛查及遗传性疾病筛查及诊治、新生儿多脏器损伤的诊治、新生儿窒息复苏、新生儿院外转运等。