儿童保健科是集儿童保健、疾病防治、科研及教学为一体的专业科室，是厦门市儿童保健业务指导中心，它承担着全市儿童保健技术指导、培训、督导工作，负责厦门大学医学院儿少卫生与妇幼保健专业的教学工作。曾获得是市科学技术进步三等奖一项，近三年科室共发表国家级及省级论文14篇。目前拥有主任医师1人、副主任医师3人、主治医师1人、医师3人，主管护师1人、护师2人、保健护士3人，其中硕士研究生3人。
　　门诊开展的服务内容有 ：
　　1.42天婴儿体检及建卡：开展42天婴儿保健建卡及体检工作、体弱儿筛查管理、先天性疾病筛查、婴儿抚触。
　　2.儿童健康体检：对0-18岁儿童和少年进行全身体检检查，做出生长发育水平及健康状况评价。对家长进行科学喂养、护理、疾病预防等方面的指导。入园、入学体检。
　　3.儿童保健门诊：儿童贫血、营养不良、微量元素缺乏及儿童保健常见病诊治。
　　4.厌食专科门诊：营养指导，厌食治疗。
　　5.佝偻病专科门诊：佝偻病防治知识咨询，佝偻病诊治。
　　6.肥胖症专科门诊：运用专业营养软件，对肥胖儿童的膳食进行计算分析，制定个体化的平衡膳食及运动方案，减少成年期慢性疾病的发生。提供肥胖症相关知识咨询，制订减肥方案及干预措施。
　　7.儿童生长发育迟缓专科：运用专业软件，开展儿童期、青春期及青春期身材矮小的诊治。
　　8.儿童铅中毒防治专科门诊：对血铅超标的儿童治疗及干预，对家长进行铅中毒防治知识宣传。
　　9.性早熟专科门诊：性早熟诊断，青春期教育指导。
　　10.高危儿管理门诊：对有高危因素的婴儿进行营养及喂养指导、追访，建立高危儿专案管理档案,进行脑损伤筛查，定期进行体格发育、心理发育评估及神经运动检查及干预治疗。
　　11.儿童营养咨询门诊：营养咨询、评价，营养指导，同时根据儿童的年龄、性别、疾病等具体情况，提供科学的平衡食谱。
　　12.婴幼儿喂养咨询：指导母乳喂养、辅食添加、辅食制作及婴幼儿喂养食品选择，指导婴幼儿营养性疾病防治以及传授相关保健知识，指导科学喂养。
　　13.儿童常见病诊治：呼吸道感染、腹泻
　　14.新鲜食物过敏原实验：应用皮肤点刺方法，检测新鲜食物过敏源如：牛奶、鸡蛋、鱼虾、蔬菜、巧克力等，指定辅食添加。
　　15.遗传代谢性疾病诊治：对新生儿疾病筛查发现的先天性甲状腺技能减退症、苯丙酮尿症进行治疗、追踪，监测生长发育水平。
　　16.集体儿童卫生保健：托幼机构儿童定期体检、龋齿防治、佝偻病防治、铅中毒防治、微量元素缺乏筛查。