西南医院自上世纪50年代开始开展乳腺疾病的临床诊治，70年代即有专人从事乳腺外科临床研究，1985年建立乳腺专病门诊并招收乳腺专业研究生，2003年3月成立乳腺疾病中心，专门收治乳腺和甲状腺疾病。乳腺中心是中国妇女发展基金会和中华医学会肿瘤学分会乳腺癌学组联合授牌的乳腺疾病诊疗中心暨培训基地，担负临床医疗、教学、科研和预防保健等任务，系硕、博士授权学科和博士后流动站，2007年被批准为国家重点学科，2008年通过全军普通外科专科中心和乳腺专病中心评审。
　　乳腺疾病中心现有医护工作人员40余人，展开床位120张，具有完善的医疗设施和齐全的诊疗设备，每天开设多层次乳腺专科门诊、著名专家门诊和特色护理专家门诊。2008年门诊量5万余人次，收治病人4300余例次，住院手术1600余台次，疗效居国内先进行列。在乳腺癌的早期诊断和保留乳房手术、局部晚期乳腺癌的根治切除、乳腺甲状腺微小病变的定位切除等乳腺甲状腺疾病的诊断和综合治疗方面达国内先进水平，尤其在乳腺微创腔镜手术方面国内领先并居国际前列。近年来，创新开展腔镜小切口乳腺癌改良根治术和吸脂结合腔镜技术治疗注射式隆乳术后，在国内率先开展乳腺癌腔镜内乳淋巴结清扫和腋窝清扫、腔镜皮下乳腺切除、腔镜男性乳腺发育切除等微创外科新术式，取得了良好效果。
　　作为中国妇女发展基金会“母亲健康快车”项目在西部最早的试点单位和首发仪式举办地，曾参加在天安门广场举行的“母亲健康快车”发车仪式并在西安召开的经验交流会上介绍经验，数十次参加“母亲健康快车”下乡和社区义诊普查活动。每年招收研究生和进修生，培养了大量人才，起到了大型医院的技术辐射和带动作用。
　　乳腺疾病中心创办了《中华乳腺病杂志》，近年来，每年举办一次全国性学术会议，为学术交流提供了重要的平台。先后承担多项国家、军队与重庆市重大和重点课题。研究成果“乳腺增生病癌变与乳腺癌早期诊断”获全军医疗成果二等奖，“乳腺疾病的系列腔镜手术”2007年获第三军医大学临床新业务、新技术奖（二级甲等），“提高乳腺癌病人临床护理质量及生存质量对策的研究”2008年获全军医疗成果三等奖。