儿科始建于1949年，是国家中医药管理局“十二五”重点学科建设单位，山东省医药卫生重点专业、山东省临床重点专科。中西医结合儿科实验室为山东省首批中医药重点科研实验室。
　　2013年5月28日，山东省卫生厅批准以小儿内科为基础成立了聊城市儿童医院，承担鲁西及周边地区儿童医疗、保健、科研及教学任务。2013年5月31日，儿童医院正式加入北京儿童医院集团，成为集团首批成员。
　　小儿内科目前设有8个病区，实际开放床位320张，设有NICU、PICU、新生儿、早产儿、中西医结合、消化、呼吸、肾脏免疫、神经、遗传内分泌、心血管和血液肿瘤12个亚专业。担负着聊城市及周边地区儿童和新生儿各种常见病、疑难病、急危重症的诊治及儿童保健任务。现有医疗人员90名，其中主任医师15人，副主任医师9人，博士研究生3人，硕士研究生74人。中西医结合儿科实验室现有专职人员3人。
　　现有血液净化机CRRT、小儿胃镜、支气管镜、氩气刀、冷冻手术治疗机、小儿心肺功能仪、心脏彩超、床边X光机、NO治疗仪、小儿视频脑电图和动态脑电图、儿童网络心电图分析、经颅B超、小儿高压氧舱等先进医疗设备。常规开展先天性心脏病介入术、经皮导管射频消融术、外周静脉换血术、小儿胃镜等特色技术。推广儿科肺内介入治疗，开展电子支气管镜下氩气刀及冷冻治疗严重气管狭窄；利用体外高级生命支持技术治疗ARDS、呼吸衰竭、肺水肿等危重症；血液净化技术治疗急性肾衰竭、重症脓毒症、毛细血管渗漏综合征、嗜血综合征等疾病；血液净化联合机械通气治疗急性肺水肿；常频机械通气、高频通气治疗为危重患儿救治提供强有力的呼吸支持；NO吸入治疗严重新生儿持续肺动脉高压；亚低温治疗重度新生儿窒息脑损伤患儿；床旁颅脑及心脏超声检查早期诊断脑损伤及先天性心脏疾病。
　　加入北京儿童医院集团后，充分利用集团的优势医疗资源。落实分级医疗和双向转诊，成立了远程会诊中心，实现了疑难危重病例远程会诊。同时加强科研项目的合作，促进科研技术人员的流动。与集团成员医院之间实现了专家共享、临床共享、科研共享和教学共享。满足了当地疑难病患儿的诊治需求，建立了“病人不动、医生移动”医疗服务体制新模式，推动了“看病难”问题的解决，使当地患儿在家门口就可享受全国顶尖水平的医疗服务。