重庆医科大学附属第二医院神经外科始建于1985年，由陈复仁教授任第一任主任，初建时设床位15张，主要开展颅脑损伤、高血压脑出血等常见病的救治以及部分脑胶质瘤、脑膜瘤、脑脓肿、脊髓肿瘤等疾病的诊断和手术治疗。同时，承担重庆医学院医疗二系神经外科教学、实习任务。1988年-1998年的十年间，在陈复仁教授及第二任主任张清忠教授的领导下，医疗工作已具备一定规模，病床扩大到25张，能够完成多种神经外科疾病的系统诊断与治疗，尤其在微侵袭手术治疗高血压脑出血技术的改进、应用与推广方面取得一定成果，影响较大。1998年程远教授接任科室主任，制定了“全面发展，重点突破”战略方针，提出了“科技强科，特色发展”的建科理念，经过全科医护人员精诚团结、共同奋进；学习新方法、引进新技术，不断创新，医疗技术快速进步、迎来了科室的全面发展，目前已成为一个集医疗、教学、科研为一体的综合性科室和以中青年科技人员为骨干、专业结构合理的学科，为科室医学硕士学位授权学科、医学博士学位授权学科。科室目前拥有病床44张和ICU病房，现有医护人员30人，其中教授1人，副教授5人，主治医师 2人，住院医师2人其中具有博士学位4人，硕士学位3人，占总人数70%；护理人员20人，70%具有本科学历。医院拥有320排螺旋CT一台、16排排螺旋CT一台、3.0及1.5TMRI各一台及全数字化血管机2台，为科室医疗技术搭建一个良好的技术平台，科室还拥有国内一流的先进诊疗设备，包括呼吸机、神经外科手术显微镜、术中神经电生理监测仪、颅内压监测仪、德国蛇牌双极电凝器、手术动力装置和自动牵开器、立体定向手术装置、射频神经止痛仪和全自动降温床等高端设备。
　　科室以脑血管疾病的血管内介入治疗和显微手术综合治疗、颅底肿瘤的显微手术，微血管减压与射频热治疗功能神经疾病以及高血压脑出血的外科规范化治疗为主要特色。现有专业组4个，分别设置了脑血管性疾病组、脑肿瘤组、功能神经组和脑外伤组。血管疾病组主要收治颅内动脉瘤、脑与脊髓动静脉畸形、脑海绵窦动静脉瘘、硬脑膜动静脉瘘，开展了血管介入颅内动脉瘤和血管畸形栓塞术、颅内动脉瘤显微夹闭术，血管畸形切除术，尤其是近年来，针对复杂性、多发性、难治性颅内动脉瘤、复杂性脑动静脉畸形，采用血管内介入新技术，取得可喜成绩，使科室脑血管疾病的诊疗技术迈上了新台阶，达到国内先进水平；其次，科室在高血压脑出血的外科规范化治疗一直在国内处于领先地位，主要开展了以高血压脑出血的微创手术机制、技术和临床研究，在市内及周边省市县进行了推广与应用；脑肿瘤组除常规开展脑胶质瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤和神经纤维瘤等颅内肿瘤手术外，近年来重点开展了颅底肿瘤手术，完成了100多例前、中、后颅窝及颅内外沟通肿瘤手术，达到国内先进水平。功能神经与脊髓组诊治疾病范围包括癫痫、脑微小病灶立体定向活检、原发性三叉神经痛、面肌抽搐、颅底畸形、椎管各种内肿瘤、腰椎间盘突出、症状性椎管囊肿等疾病，尤其是针对三叉神经痛、面肌抽搐及舌咽神经痛，开展微血管减压术和射频热治疗技术，获得了满意的临床疗效。脑外伤组主要围绕重型颅脑损伤围手术期，危重期的急救，开展了一系列临床研究。科室拥有专职的NICU医生和护理队伍，在特重性颅脑损伤、呼吸机的应用、严重颅内外感染与抗生素的合理应用等方面有丰富的临床经验。
　　在教学、科研方面，科室承担重庆医科大学医疗二系七年制、五年制，以及儿科系、影像系等多个专业神经外科大课教学、见习和实习任务，承担着博士生、硕士生等不同层次的学生的教学工作，近年来科室招收博士生10人，硕士生20余名。获得国家自然科学基金、国家十五、十一五科技攻关支撑计划、重庆市科委自然科学基金等多项资助，在国外SCI杂志、国内CSCD及专业核心杂志发表文章30余篇。