神经外科（现有床位138张，其中二部40张）创建于60年代，创建人为我国著名的神经外科专家索敬贤教授。现主任赵刚教授（电子邮箱ZhaoGang@jdnwk.com），副主任罗褀教授。目前科室处于国内中游水平，是吉林省神经外科医教研中心。我科与神经内科联合成立脑血管病研究所，是吉林省卫生厅重点实验室，吉林省中医药脑肿瘤疾病二级实验室，是我院特色科室。共有医护人员80名：其中教授6名，副教授9名，博士生导师3人，硕士生导师13人。年门诊量约一万四千余人次，年平均住院人数3000人次左右。现科室有DSA两台，其中有一台带有三维成像并具有CT扫描功能，16排螺旋CT，1.5T磁共振扫描机一台，美敦力开颅钻及铣刀三台，超声吸引刀一台，术中神经监护仪一台。神经外科特色是颅底肿瘤，脑血管病，立体定向功能神经外科，脑胶质瘤综合治疗。颅底肿瘤方面先后开展了听神经瘤，斜坡肿瘤，枕骨大孔区肿瘤及颅咽管瘤等手术，其中1996年率先在东北完成了斜坡肿瘤显微手术全切术，斜坡肿瘤及颅咽管瘤手术达到了国内先进水平。1960年完成全国首例高血压脑出血外科治疗，于1987年完成东北首例脑血管畸形血管内介入治疗。1990年在全国率先开展了急性期脑血管闭塞的超选择溶栓治疗，并获得吉林省科技进步三等薄?993年完成省内首例游离弹簧圈栓赛治疗颅内动脉瘤。现颅内动脉瘤每年治疗约200例，手术及血管内介入治疗达国内先进水平。胶质瘤的综合治疗方面先后开展了超选择化疗，氦氖激光内照射治疗及耐药基因方面的研究。立体定向方面于1987年开展了胎脑移植及肾上腺细胞移植，并开展内窥镜辅助下的肿瘤切除，动脉瘤夹闭，脑室内血肿清除等治疗方面技术达国内先进水平。
　　人才培养：现已培养博士研究生53名，硕士研究生148名，进修生452名，其中有北京神经外科研究所副所长天坛医院介入神经放射中心主任，北京康复中心副主任、研究所所长，中山医科大学附属一院神经外科主任，广州军区总医院神经外科主任，微侵袭杂志总编，深圳市中心医院急救中心神经外科主任，辽宁省医院神经外科主任，吉林大学二、三、四院神经外科主任，长春市中心医院神经外科主任等，出国进修学习人员25人次。
　　科研成就：主编实用神经外科学一书，近三年发表学术论文89篇，获省科技进步二等奖3项，三等奖3项，省卫生厅科技进步二等奖2项、新技术奖2项，校医疗成果二、三等奖10余项，承担省级科研课题10余项，省部级科研课题10余项，其中国家自然科学基金2项，科研经费100余万元。