男科创建于1993年，是江苏省首批“中医重点临床专科”，经过多年发展已经构建了一支中西医诊治经验丰富、技术力量雄厚的专家梯队。科室目前拥有病房床位16张，主任中医师2名、副主任中医师6名、主治中医师2名、住院中医师1名；其中教授2名、博士学历4名、硕士学历4名。作为全国中医药学会男科专业委员会的主任委员单位、江苏省唯一的中医男科重点专科及南京中医药大学的硕、博士培养点，培养了数十名男科学博士研究生、硕士研究生，带教了一大批来自全国的进修生，使具有中医特色的男科学能扬名省内外，学员广及全国。
　　专科特色：科室自创建以后秉承传统中医“辨证论治”、“病证结合”精髓，以弘扬歧黄医术为特色，在学术带头人徐福松教授的带领下传承“孟河医派”。在医院“十二五”规划下，现任科主任宁克勤主任医师（世界中医药学会联合会男科专业委员会副主席、国际中医男科学会常委、江苏省中医药学会男科专业委员会副主任委员、《江苏中医药》杂志特聘外审专家）团结科室同道，殚精竭虑，致力于开拓创新，提出“见微知著、未病先防、既病防变”的“治未病”现代中医男科学术思想。在其带领下科室先后成立男科诊疗中心、治未病工作室、男性亚健康心理咨询中心，目前正在积极筹建“江苏省中西医结合男科疑难疾病高级诊疗中心”。科室针对男性前列腺疾病、性功能障碍、男性不育症、泌尿系感染、男性外生殖器疾病和疑难杂病，提倡综合患者病情将药物治疗、物理治疗与心理治疗密切结合，中西贯通、内外兼治，在充分发挥传统中医中药优势的基础上，多种模式联合治疗。
　　科研成果：科室先后承担和完成省、厅级和院级课题8项，其中“保精片”获江苏省科技进步二等奖，“前列腺超声靶向透药”获国家专利；发表论文300余篇，并多次在国内外学术会议上交流；主编及参编著作40余部；多次作为组长单位负责国家级药物临床验证工作；在多年临床实践中研制了保精片、聚精丸、精泰来冲剂等一批具有较好疗效的院内制剂。