清流县医院内科分为内一科和内二科。
　　清流县医院内一科编织床位45张，医务人员24人，其中医生8人，有中高级职称3人，护士16人，主管护师2人。设有呼吸内科、心血管内科、内分泌学科及肾脏病学科（血液透析）等内科专业，能开展内科常见病、多发病和内科疑难杂症、急危重症的规范诊疗。
　　清流县医院内二科成立于2012年1月，是以诊治消化、神经、中毒、血液、风湿免疫、肿瘤等疾病为一体的综合性科室。科室设置固定床位51张，现有医护人员20人，其中医生7人（副主任医师2人，主治医师2人，住院医师3人）护理人员13人，多人曾在省级以上医院进修学习。