敦煌市中医院妇产科是中医院近年来重点建设的特色科室之一。配备有宫腔镜、电子阴道镜、乳腺治疗仪、输卵管电脑通液诊断治疗仪、妇科电灼仪等先进的诊疗设备。该科运用中西医结合的方法治疗妇科常见病、多发病、不孕症及各种疑难杂症，采用本院自制纯中药制剂化瘀消癖胶囊Ⅰ号、Ⅱ号治疗乳腺腺病和乳房纤维囊性增生症引起的乳房疼痛、结节、包块疗效显著。开展子宫肌瘤、卵巢肿瘤及宫外孕等疾病的手术治疗，妇女保健咨询，孕期 检查、接生、剖宫产，药物流产、无痛人流术、放取环术、绝育术、避孕指导等。宫颈刮片快八项检查对各类妇科阴道疾病、宫颈病变提供细胞学诊断。科研课题“化瘀消癖胶囊治疗乳腺腺病和乳房纤维囊性增生症临床研究”获市级科技进步二等奖。