中山大学附属第三医院内分泌科是教育部国家重点学科，广东省教育厅重点学科，广东省糖尿病防治中心，中山大学糖尿病研究所，世界卫生组织（WHO）国际糖尿病联盟（IDF）西太区执行委员单位，中华医学会糖尿病学分会（全国）候任主委单位，广东省医学会糖尿病学分会、内分泌学分会主委单位。
　　内分泌科设有内分泌科病区、内分泌科门诊及内分泌科研究实验室。内分泌科病房具有标准病床43张。现有员工33人，其中专科医生17人，护士15人，健康教育专职人员1人。在站博士后1人，在读博士生11人，与英国牛津大学联合培养博士研究生一名，与美国联合培养博士研究生4人，在读硕士生14人。专科医生中具有博士学位的12人、具有硕士学位的4人；教授/主任医师2人，副教授/副主任医师/副研究员/副主任护师/7人，主治医师6人；博士生导师2人，硕士生导师3人。
　　在2型糖尿病的治疗模式选择上，内分泌科学科带头人翁建平教授提出了早期胰岛素干预治疗的创新性理念，发现早期胰岛素强化治疗改善胰岛β细胞功能；发表在《中国糖尿病杂志》的学术论文“短期持续胰岛素输注治疗对初诊2型糖尿病患者胰岛β细胞功能的影响”入选2007年“中国百篇最具影响优秀国内学术论文”；进一步研究发现早期胰岛素强化治疗可使约半数患者2年内免于药物治疗，该研究结果已经发表在2004年的Diabetes Care，引起了广泛的关注。主持的全国多中心合作研究“2型糖尿病早期干预方式对其预后影响综合研究”，其结果发表于国际权威杂志英国Lancet（《柳叶刀》杂志），被WHO-IDF糖尿病工作组列为指南制定的参考文献和美国内科医师学院的继续教育参考文献。基于对2型糖尿病早期胰岛素干预作用分子机制的探讨，2型糖尿病发病机制和营养干预的代谢组学研究获得了国家973计划近400万元的资助。经过近3年的研究，发现早期胰岛素干预治疗抑制了肝脏、骨骼肌炎症反应，促进胰岛素抵抗改善；为早期胰岛素干预治疗带来的代谢记忆效应提供了理论依据，为广大2型糖尿病患者带来了福音。鉴于学科带头人翁建平在糖尿病的临床系列研究及早发2型糖尿病干预研究等方面做出了突出贡献，于2004年获教育部 “新世纪优秀人才支持计划”支持和2006年度教育部科技进步一等奖奖励。2008年被广东省“千百十”工程列为“国家级”培养对象。2009年获“卫生部有突出贡献中青年专家” 称号。2009年获长江学者创新团队项目。2010年获国家自然科学杰出青年基金。
　　实验室具有众多先进的仪器设备及一批高素质的研究人员，既能开展临床所需的各种检查项目，又能进行高水平的科学研究工作。特别是在糖尿病的分子遗传学研究取得丰硕成果：确诊了国内首例胰岛素受体基因突变所导致的A型胰岛素抵抗病例；发现并确诊了国际首例脂肪萎缩性糖尿病并下颌骨肢端发育不全症样laminopathy；建成了目前国内最大的MODY家系标本库之一；开展了线粒体糖尿病的基因诊断，并获得专利一项。
　　内分泌科的病人来自省内外及港澳与东南亚地区。在多年的临床实践中逐渐形成了具有自身特色的诊疗常规，并取得良好效果，尤其在糖尿病及并发症、甲亢症及其合并症的诊治方面积累了丰富的临床经验，具有较高的临床诊疗水平。目前正在全国范围牵头负责与全国23家三甲医院共同进行针对新诊断2型糖尿病患者的一项多中心、随机、平行对照研究（confidence研究）； 在全省范围牵头负责1型糖尿病的登记和管理项目。
　　主诊疾病：糖尿病（1型糖尿病、2型糖尿病、特殊类型糖尿病、妊娠糖尿病）及急慢性并发症、胰岛β细胞瘤、甲状腺疾病（甲亢、甲减、甲状腺炎、甲状腺结节、甲状腺肿瘤等）、肾上腺疾病（Cushing综合征、醛固酮增多症或缺乏症、嗜铬细胞瘤、肾上腺皮质功能亢进症或减退症等）、垂体疾病（下丘脑综合症、垂体瘤、闭经溢乳综合症、肢端肥大症、巨人症、侏儒症、尿崩症、垂体前叶功能减退症等）、高血压查因（特别是年轻患者）、骨质疏松症、肥胖症、痛风等。
　　内分泌科设备介绍：内分泌科拥有葡萄糖钳夹实验系统、胰岛素泵、动态血糖监测仪及安诺治疗仪等进口先进诊疗设备，在血糖监测控制及糖尿病神经病变治疗方面获得了相当满意的效果，积累了丰富的临床经验。
　　1.葡萄糖钳夹实验系统：包括正常血糖钳夹、高血糖钳夹和低血糖钳夹技术。正常血糖钳夹技术被认为是评价外周组织的胰岛素的敏感性的“金标准”。高血糖钳夹技术可定量评价胰岛β细胞对葡萄糖的敏感性，即β细胞功能，为糖尿病分型及临床诊治提供准确科学依据。
　　2.胰岛素泵（CSII、即短期持续胰岛素输注）：胰岛素泵可按照带泵患者进餐、运动、夜间等不同时间段，模拟正常人的胰岛素分泌模式而给注胰岛素，可在短期内获得理想的血糖控制。
　　3.动态血糖监测仪：通过每24小时288点连续72小时以上的动态血糖记录，对患者的血糖进行“全天候”跟踪监测观察，为合理化的治疗方法提供客观、详尽的依据。
　　4.安诺神经血管治疗仪：用于糖尿病神经病变的治疗，尤其在糖尿病足的治疗上有显著疗效。可改善患者自身的血流灌注状况，从而能够解决患者因足部血流灌注不足导致的疼痛、麻木和伤口不易愈合的核心问题。