敦化市中医院内科由内一科、内二科组成。
敦化市中医院内一科是以心血管内科为主，兼消化内科、肝病、儿科，是以中西医结合为主要特点的综合科室。分为门诊和住院疗区两部分。疗区设有高、中、低档病房28间，床位48张。环境整洁，设施齐全，科室规划完整，专业人才集中，管理科学，治学严谨。其医疗水平、护理 质量处于本地区同类学科前沿。
敦化市中医院内一科在我市著名中医专家刘琛业务院长、主任医师的直接领导下，各专科建设蓬勃发展。其中心血管专科被列为国家西部大开发中医重点专科、吉林省中医药管理局重点专科建设项目。肝病专科由吉林大学第一医院吕美德教授常年坐诊，在吕志宏副主任医师的带领下，专科诊治水平不断提高。儿科近年来门诊量和住院病人均大幅增长。同时内一科和长春中医药大学附属医院
敦化市中医院内一科各专科的急危重症的抢救能力不断提高，现治疗的疑难病种有：大面积心肌梗死、心衰、心源性休克、顽固性心力衰竭、恶性心律失常、肝昏迷、各类重症肝炎、重证胰腺炎、上消化道大出血；儿科急症包括心衰、呼衰、重症肺炎、脑炎以及中毒等。现成功开展了心脑血管病的溶栓治疗，中西医药结合对冠心病的溶栓治疗，中西医药结合对冠心病、病毒性肝炎的辨证分型治疗等。在突出中医特色，坚持中西医结合为主的治疗方向上，取得了成功经验和可喜成果。
　　敦化市中医院内一科为创建省内一流医院，争创广大患者满意科室，内一科全体医务人员认真贯彻“星级服务”标准，充分体现“人性化”服务。努力钻研业务 ，不断开展新技术，新项目，向科室下规化，现代化目标不断迈进！

敦化市中医院内二科的中风病是吉林省中医药管理局的重点专科。同时担任长春中医院、延边医学院的毕业生教学任务。科内配有多参数监护仪、亚低温治疗仪、康复治疗器械、快速血糖仪、彩色脑电图、超声雾化吸入器等设备。
敦化市中医院内二科下设血液净化中心，有德国费森犹斯血液透析机3台、进口水处理设备1台，血液净化专业医护人员4名。
敦化市中医院内二科内二科的主要诊疗项目有：
　　1、神经内科：脑梗塞、脑出血、蛛网膜下腔出血、格林巴利综合征、末梢神经炎、重症肌无力、癫痫。高血压病及各种中毒性疾病。
　　2、呼吸内科：急慢性呼吸衰竭、肺心病、肺性脑病、支气管哮喘、重症肝炎、肝癌、胸腔积液。