小儿呼吸科是乌鲁木齐儿童医院的重点科室之一，是全院收治病人最多的科室，主要专业设置为小儿呼吸。科主任及多位医师曾在国内先进医院进修学习，目前诊疗水平已居区内领先，在诊治小儿呼吸道疑难杂症及哮喘方面拥有丰富的临床经验。
　　近年呼吸科又开展了小儿纤支镜检查和小儿肺功能测定等新业务，是全疆唯一开展这两项工作的科室。通过支气管镜术不仅可以对支气管肺先天性发育不良、局部阻塞性疾病（如外部压迫、深部异物等）、肺不张、急慢性肺部感染性疾病、咯血、哮喘、弥漫性肺实质病变等进行诊断和鉴别诊断，还可针对病变部位进行局部介入治疗，有效提高了急慢性肺部疾病的治疗效果。小儿肺功能测定则为小儿哮喘的诊断、评估严重程度及疗效提供了重要依据。哮喘门诊与哮喘之家的开放大大方便了众多疆内外及周边邻近国家哮喘患儿的诊治与随访，为哮喘患儿有效控制疼痛，提高生活质量做了大量工作，在疆内享有一定知名度。
　　此外，呼吸科还率先开展了整体护理，各项护理质量指标考核始终位于医院前列，尤其是静脉留置针穿刺技术的普及大大减轻了患儿反复穿刺的痛苦，得到了众多家长的肯定与好评。