吉林大学第二医院普通外科成立于1958年，经过半个世纪的发展，逐步成为集医疗、教学和科研为一体的吉林省规模最大、实力最强的普通外科。2007年吉林大学决定将“吉林大学普通外科疾病诊疗中心”设在二院。2013年3月科室因医教研工作需要进行科室整合，现调整为肝胆胰腺外科、甲状腺外科、结直肠及肛门外科、乳腺外科、胃肠及营养外科、血管外科六个科室。
　　吉林大学第二医院普通外科疾病诊疗中心现有知名教授9人、教授17人，其中博士研究生导师2人，硕士研究生导师14人。医生50人，均有硕士研究生以上学历，其中博士学位28人，护理队伍90人，均为本科以上学历，具有硕士研究生以上学历15人。拥有床位数241张，重症监护病房床位20张，具有国内一流的检查、治疗及监护设备。各学科根据实际情况制订了本专业的疾病治疗规范，实施临床路径管理，建立了全面科学的病患档案，不仅可以高水平完成普通外科高难度的手术，而且还可为常规手术病人提供个体化的专业治疗。现床位使用率达109%，手术例数（Ⅲ类以上手术）4000余例，年诊治患者60000余人次，年住院人数近万人，年收入超亿元。年手术例数、复杂手术例数、省内转入病人转诊率、新技术新疗法开展项目等诸多方面均为全省同学科第一位。
　　近五年来发表论文近400篇，SCI收录10余篇，获省、市级科技进步奖10余项，获吉林大学医疗成果奖数十项，培养博士毕业生32人、硕士毕业生70人。通过与国内外医学中心的广泛交流，不断促进学科发展，综合实力有所增强，在省内影响举足轻重，在国内知名度逐年提高。