吉林大学第二医院儿科疾病中心包括儿内一科、儿内二科、儿童保健、新生儿科、PICU临床与保健、康复为一体的儿童保健与疾病诊疗中心。儿科教研室、儿童保健教研室同时承担儿科学和儿童保健学的教学任务。儿科现有医护人员33人，其中教授4人，副教授4人，硕士生导师3人；具有博士学位9人，在读博士2人。承担多项国家、省市级儿科保健及疾病的科研工作。
　　在新生儿、小儿神经系统疾病、自身免疫疾病、呼吸系统疾病、遗传代谢疾病、血液系统疾病、内分泌疾病及儿童保健工作中逐渐形成自己的特色。小儿支气管哮喘、癫痫的生物治疗、过敏性紫癜、难治性肾病及结缔组织疾病的诊治、遗传代谢病的筛查、矮小症诊治等在省内处于领先地位。教学工作主要承担医疗系五年制及七年制、口腔系、妇幼系的及成人教育的本科生教学工作；同时护理组担当护理系的儿科护理教学工作。科研工作先后完成省市科委、卫生厅的科研立项8项，获得科研成果3等奖一项，获得医疗成果奖8项。
新生儿科开诊以来，为危重新生儿生命支持提供了有力的医疗保障。科室拥有优秀的医疗、护理团队，秉承“真诚奉献、专业求存、关爱生命传承，用心呵护每一位宝宝”的宗旨，为新生儿的健康保驾护航，为医院各外科系统开展婴幼儿疑难手术提供安全医疗保证。
　　儿童保健工作是科室的特色之一，有较强的技术力量，现已开展了儿童营养检测、儿童矮小的诊治及健康档案的建立等儿科保健工作。为发挥其现有优势，拟今后进一步开展的工作是推广儿童早期教育，深入开展身材矮小、单纯性肥胖、儿童多动症等方面新的预防及治疗方法。