南昌大学第一附属医院中西医结合科经过几代人的努力，学科建设与综合实力得到迅速发展，学术梯队完善、结构合理，1996年获得中西医结合临床学术硕士学位授权，2006年获得博士学位授权，目前拥有主任医师5名、副主任医师2名，主治及住院师3名，其中江西省名老中医师2名，江西省卫计委学术与技术带头人1名，南昌大学中青年学术与技术带头1名，担任省级专业委员会主委1人，副主委3人，荣获全国综合医院中医工作先进单位。目前设有三个特色专科（中西医结合风湿病、中西医结合肛肠、针灸），另外还具有六个明确、稳定的研究方向（中西医结合治疗消化、呼吸、肾病、恶性肿瘤、心脑血管及中医治未病等）、一个中医特色治疗中心。
　　中西医结合风湿病专科：2004年率先在全省成立中西医结合风湿病专科，中西医结合风湿病专科采用中医药为主，内外并治、中西合璧，继承、发展了中医药防治风湿性疾病及疾病的特色与优势，发挥中西医结合特色、采取中药口服外敷、穴位注射、中医熏蒸、中医离子导入、针灸、火罐、煎服、西药等综合治疗，取得良好的成效，显著改善患者临床症状及生活质量，减少激素和免疫抑制剂的用量和副作用，缩短激素的使用周期，调节患者免疫功能、增强抵抗力，减少疾病复发概率。
　　中医治未病与中医治肿瘤学：根据《黄帝内经》“上工治未病”思想，遵守中医治未病的道法自然，平衡阴阳、精神内守、病安从来、饮食调理，以资气血、强身健体、动静相宜、增强正气、规避邪气、早期诊治、防病传变的思想原则，采用中药内服、同穴位贴、针灸、中药熏蒸，根据时令季节、气候变换的中药成方、膏方等，对于慢性疾病、肿瘤患者以及亚健康状态均有良好的疗效。
　　中西医结合肛肠：中西医结合肛肠专科在继承和发扬中医肛肠医学的基础上，以大肠肛门常见病、多发病、疑难病为重点，专科能够进行电子肛肠镜、直肠压力测定、直肠周围肌电图、直肠腔内超声、排粪照影、球囊逼出实验、结肠运输试验等多项专科检查。能够进行痔、肛裂、肛瘘、肛周脓肿、直肠阴道瘘、直结肠癌等60余种肛门直肠常见及疑难病的中西医结合治疗。对以顽固性便秘为代表的肛肠动力性疾病从诊断技术到治疗手段，展开了综合研究，并取得突破性进展。形成以自然疗法非手术治疗痔疮、肛周脓肿为特色配合手术治疗。目前该项研究处于国内领先地位。