黑龙江省农垦总医院儿科主要对小儿各系统疾病及重危、疑难病例的诊疗工作。承担黑龙江省垦区及周边地、市、县、区前来就诊的的诊疗工作，科室对小儿呼吸、消化、神经、循环、泌尿、血液等系统疾病及新生儿疾病的诊治积累了丰富的临床经验。依托三级医院的整体优势，对新生儿窒息、颅内出血、缺氧缺血性脑病、消化道出血、早产儿、硬肿病、病理性黄疸以及小儿重症感染、各型脑炎、肺炎、心肌炎、肾炎、消化性溃疡、佝偻病、过敏性紫癜等疾病的诊断、治疗达到了省内先进水平。
黑龙江省农垦总医院儿科拥有数台超声雾化装置、高级电子保温箱、兰光治疗仪，常年开展儿童健康保健指导工作。