眼科有专用的诊断、治疗诊区，宽大整洁的治疗室满足各种特殊治疗需求，HIV/AIDS患者白内障、青光眼、眼外伤、眼底病等均能够在上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心得到满意的服务和治疗；科室均有独立的消毒室使消毒灭菌流程更加规范化。杜绝一切可能的医院感染和职业暴露途径，自2006年8月以来分别购置了裂隙灯、眼底照相机、非接触眼压计、全自动电脑验光-角膜曲率仪、眼前节数码裂隙灯照相仪、电脑视野仪、眼部A/B超、手术显微镜、全自动高压灭菌器。