内分泌专业成立于1978年，1993年独立建科，是以诊治糖尿病及代谢相关性疾病（脂代谢紊乱、痛风和骨质疏松症等）和下丘脑、垂体、甲状腺、肾上腺、性腺疾病等内分泌疾病为主的临床科室，是四川省内分泌代谢疾病临床、科研、教学的主要基地之一,2006年获批国家药监局内分泌专业药物临床试验，2013年获批四川省重点专科。内分泌代谢科现有床位82张，收治专科病人2500人次/年，门诊诊疗50000人次/年，拥有糖尿病中心、肥胖、骨质疏松专科门诊。
　　近年开展了多项新技术，例如具有国际先进水平的胰岛细胞移植技术和国内省内先进水平的双侧岩下窦采血术（BIPSS）、双侧肾上腺静脉采血术（AVS）、胰腺动脉钙刺激肝静脉采血术（ASVS）等内分泌介入检查。国内先进的垂体激素脉冲泵治疗促性腺激素释放激素缺乏所导致的闭经及性发育障碍。拥有无线远程血糖管理系统、糖尿病眼病基因研究、糖尿病免散瞳眼底照相检查、体脂测定、糖尿病足病诊断及筛查、胰岛素泵治疗、动态葡萄糖监测系统（CGMS）、实时显示型动态葡萄糖监测系统（DGMS）、快速指尖糖化血红蛋白检测、快速血酮检测、甲状腺疾病的放射碘治疗等先进诊疗技术。
　　2013年成立的“糖尿病中心”，是以内分泌代谢科为核心的多学科合作机构，是西南地区最大的糖尿病诊治和管理中心，包括糖尿病临床诊疗、胰岛细胞移植、肥胖糖尿病手术治疗、糖尿病足病诊疗、糖尿病社区服务、糖尿病患者健康管理和糖尿病生化实验室，以及由30余位糖尿病相关的多学科专家组成的糖尿病学术委员会。
　　2009年被卫生部批准为“强生糖尿病学院实习基地”和“骨质疏松症诊疗技术协作基地”。2009年被四川省卫生厅批准为“四川省糖尿病专科护士培训基地”，同时也是中华医学会糖尿病分会“全国糖尿病教育者临床实习基地”。2010年医院获卫生部“临床药师培训基地”（内分泌代谢科为内分泌代谢专业临床药师培训点），2013年获全国最佳糖尿病教育者实习基地。多年成功举办国家级和省级“糖尿病”及“甲状腺疾病”等相关领域继续医学教育学习班。
　　内分泌代谢科是在省内较早开展“糖尿病患者义务教育”的科室，已经坚持患教19年。目前开展有糖尿病大讲堂、小组教育、看图对话项目、一对一患者教育和社区糖尿病教育。糖尿病专科护士在病房和门诊从事患者教育，并开设了糖尿病教育门诊。建立了糖尿病患者数据库和定点的糖尿病社区医疗服务中心，更加科学和规范的管理糖尿病患者。2013年获首批中华医学会糖尿病教育管理单位认证。
　　近3年在国内外杂志共发表论著80余篇，其中SCI收录12篇，承担国家自然科学基金2项，负责厅/市级科研课题10余项，国际合作项目1项。作为副主编出版了1部学术专著和参编了4部学术专著。
　　现共有医护人员42人，其中医师16人、护士24人（其中糖尿病专科护士9人，主管护师2人）、技术人员2人。博士学位3人，硕士学位的9人。正高级职称4人，副高级职称4人。硕士研究生导师1名，四川省卫生厅学术技术带头人1人。