儿科是济宁医学院附属医院的重点临床科室之一，是集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的大型临床科室，一贯秉承“一切为了病人”的服务理念，全方位为患儿服务，一直以来在鲁西南儿科界享有盛誉。医院2011.10.19正式启用妇儿大楼，目前儿科开放床位479张，分为新生儿重症监护病区（NICU）、儿童重症监护病区（PICU）、新生儿病区、非感染病区（包括血液病房、儿科肾脏病房、内分泌病房、风湿免疫病房）、神经系统疾病病区、消化系统疾病病区、呼吸系统疾病病区（分东西两个病区）、儿童康复病区、小儿先天性心脏病介入治疗病区，共10个病区，12个临床专业。现有医生83名，其中主任、副主任医师31人，主治医师28人，博士、硕士研究生49人。最大日门诊量900人次，平均600余人次，年门诊量20万人次，年出院病人近1万人次，危重病人抢救成功率95%。承担医学院医疗系、护理系，本、专科的中英文理论课教学和临床带教实习工作，承担山东省省级“儿科诊疗新进展”的继续医学教育项目，系山东省住院医师规范化培训基地之一。2010年11月17日与北京军区总医院八一儿童医院签约成为技术合作医院，为疑难重症患儿提供了全新的治疗手段，并为疑难、危重症患儿的转运开辟了绿色通道。

　　服务范围
　　主要诊治儿内科常见病、多发病及危重病症。新生儿重症监护室（NICU），开放床位98张，为山东省最大的新生儿监护病房，拥有一流的监护抢救设备：10万级层流净化、中心监控设施；每个床单位均配备吊塔、LED灯、心电监护支臂、心电监护仪、暖箱或红外线辐射台；拥有西门子Servoi、小儿菲平呼吸机10台，斯蒂芬和雪弗兰CPAP10台；床旁X线摄片机、微量血糖仪、微量血气分析仪等等抢救设施，24小时监护。NICU具有雄厚的技术优势，主要收治超低和极低出生体重儿、围产期窒息、新生儿呼吸窘迫综合症、新生儿肺出血、新生儿呼吸衰竭、新生儿血型不合溶血病（ABO 、Rh）、多器官功能衰竭等新生儿急危重病症，同时也进行新生儿重大手术后监护治疗。
　　2007年成立了儿童重症监护室（PICU），目前开放床位42张，为全省最大的儿童监护病房，病房设置同NICU，成功抢救儿童暴发性心肌炎、各种类型的休克、呼吸衰竭、心力衰竭、严重中毒等等儿童急危重病症。

　　儿童康复病区是鲁西南地区最大、功能最全的儿童脑性瘫痪防治、康复的病区，设有门诊和病房，主要治疗儿童脑瘫、脑发育迟缓、运动发育落后、语言发育迟缓等的康复治疗， 对早产、多胎、窒息、核黄疸等高危因素出生的婴儿可早期发现脑瘫，早期干预、早期治疗。

　　先天性心脏病介入诊疗病区具有强大的技术优势，不开刀治疗先天性心脏病。目前已经成功完成1500例，为山东省首位，最小年龄为3月、体重4千克，成功实施了动脉导管封堵术。

　　开设了支气管哮喘、小儿癫痫、遗传内分泌、矮小专科、新生儿随访、先天性心脏病、儿童保健专科门诊。