由于对该病认识程度有限，既往在临床诊断中常常漏诊。随着病例资料的积累和对本病的重视，依据下丘脑错构瘤特殊的临床表现（以痴笑发作、性早熟为突出特点）和病变部位以及CT/MRI平扫和增强扫描的特征，结合EEG，目前诊断符合率显著提高。
下丘脑错构瘤应与下丘脑低级别星形细胞瘤、鞍上生殖细胞瘤、视交叉胶质瘤、颅咽管瘤、鞍隔脑膜瘤等相鉴别。这些疾病除肿物信号和密度的区别外，最重要的是病变均有不同程度的强化和进行性增大的趋势。