原发性肥厚型心肌病的临床诊断并不难，凡是原因不明的心肌肥厚，不论是全心肥大还是局限性肥大，经超声心动图、心电图、心室造影等证实的患者，除外以下心脏病即可诊断。心室间隔增厚与左室游离壁的厚度之比＞1.3的患者，并不一定为原发性非对称性肥厚型心肌病。临床中可见高血压性心脏病患者有的比值＞1.3，所以有人提出室间隔增厚与左室游离壁的厚度之比＞1.5，甚至＞1.8时才能诊断肥厚型心肌病。此外，应和以下几种疾病相鉴别：
(1)高血压性心脏病：有长期的高血压病史，常伴有眼底、肾功能等动脉硬化的临床指征。心脏超声检查没有肥厚型心肌病的特征表现，尽管有少部分病人可能有心室间隔增厚与左室游离壁的厚度之比＞1.3，但不伴有其它肥厚型心肌病的超声特点。
(2)冠心病：冠心病患者年龄多40岁以上，有冠心病的易患因素，如高血压病、高脂血症、长期吸烟、糖尿病等。冠心病患者的心室间隔可以增厚，很少见，但可能有室壁间段性运动异常。而且也没有肥厚型心肌病的超声心动图特征。
(3)主动脉瓣狭窄：超声心动图可以明确病变部位。
其它如先天性主动脉瓣狭窄、先天性心室间隔缺损、动脉导管未闭等疾病都各有特点，借助超声心动图、心电图、心导管等技术，可以和肥厚型心肌病相鉴别。