自身抗体是指能与机体正常组织成分或改变了的组织成分起反应的抗体。自身抗体的存在并不都提示有疾病，如5%左右正常人群中类风湿因子阳性，老年人群可能由于多种外来抗原的长期刺激类风湿因子阳性者比一般人高。自身抗体可以是器官特异性的，如抗甲状腺球蛋白抗体、抗胃壁细胞抗体、抗精子抗体等；也可以是非器官特异性的，系统性红斑狼疮中抗核抗体，可与很多不同器官或组织细胞核结合。自身抗体是否致病，关键在于正常的免疫调节是否得以维持。过去认为机体能辨认自我不产生自身抗体，实际上并非如此。正常人体可以测得抗甲状腺球蛋白及DNA抗体，细菌感染中的脂多糖亦可刺激某些自身抗体的产生，但在正常免疫调节下，这些自身抗体维持不久，最终消失而不致病。自身免疫病中的自身抗体，多是通过Gell及Coombs分类的II型及III型免疫反应引起的损伤。常见的自身抗体及其相关的自身免疫性疾病 器官特异性疾病                 自身抗体种类重症肌无力                      抗乙酰胆碱抗体Grave病（弥漫性中毒性甲状腺肿）抗甲状腺球蛋白抗体桥本甲状腺炎                    抗甲状腺球蛋白及微粒体抗体抗胰岛素性糖尿病                抗胰岛素受体抗体恶性贫血                        抗胃壁细胞及内因子VitB12抗体艾迪生病                        抗肾上腺细胞抗体原发性不育                      抗精子抗体卵巢功能早衰                    抗间质细胞及黄体细胞抗体原发性胆汁性肝硬变              抗线粒体抗体早衰免疫性溶血性贫血            抗红细胞抗体原发性血小板减少性紫癜          抗血小板抗体原发性中性粒细胞减少症          抗中性粒细胞抗体白癜风                          抗黑色素细胞抗体慢性活动性肝炎                  抗核抗体                                抗肝细胞（肝细胞膜抗原肝特异性蛋白）抗体非特异性（系统性）疾病          自身抗体种类系统性红斑狼疮                  抗核抗体、抗单双链DNA抗体、抗Sm抗体、                                抗核糖核蛋白抗体、抗淋巴细胞、红细胞、血                                           小板抗体类风湿关节炎                    类风湿因子、隐性类风湿因子、抗角蛋白抗体、抗核周因子抗体、抗Sa抗体、抗Ra33抗体、抗CCP抗体、抗RA-1抗体干燥综合征                      抗SSA抗体、SSB抗体、抗a-胞衬蛋白抗体系统性硬化症                    抗Scl-70抗体、抗着丝点抗体多发性肌炎                      抗PM-1抗体复发性软骨炎                    抗软骨抗体Goodpasture综合征               抗肾小球基底膜抗体