1.非手术治疗
局限在手部的无症状的内生性软骨瘤不需任何特殊治疗，告知患者，在肿瘤出现疼痛症状或发展迅猛时须及时就诊即可。
2.手术治疗
（1）刮除活检术
  除关节软骨外，内生性软骨瘤附着的内壁应彻底清刮，刮除后的内壁应用95%乙醇、石碳酸等彻底灭活，病灶内应用自体骨、异体骨或人工骨植骨，也可填充骨水泥。植入的骨粒要小，尽量填满髓腔，将开窗的骨片放回原处，细心缝合骨膜瓣，病灶刮除后须进行病理组织学检查。在儿童，病变较活跃，刮除后复发率为30%；在成人，病变已静止，复发率极低。
（2）肿瘤广泛切除术
  内生性软骨瘤的病理检查有恶变时，特别是位于躯干骨或近躯干骨者，应积极采用彻底的肿瘤广泛切除术。