纵隔膈内支气管囊肿的临床表现主要与其部位有关，位于隆突周围的囊肿可以在体积不大时就引起明显的临床症状，而其他部位的囊肿可以长到很大而仍无明显的临床表现。常见的临床症状包括呼吸困难（活动时尤为明显）、持续性咳嗽以及喘鸣。儿童患者易误诊为哮喘、喘息性细支气管炎、气管支气管狭窄或气道异物等。囊肿与气道相通者易并发感染而出现相应的临床表现，个别病例囊肿可致气管阻塞或右心室流出道阻塞。纵隔支气管囊肿诊断明确后，手术摘除即为主要治疗，但是手术方法视病变情况而异。孤立无粘连的支气管囊肿，完整摘除无困难。当支气管囊肿嵌入食管肌层时，可行囊肿剜除术；如囊肿因反复继发感染与周围脏器严重粘连时，则难以完整切除囊壁。为避免术中损伤大血管引起出血及切除不彻底，可先放出囊内液体，减轻对邻近脏器的压迫，再行囊肿切除。若囊肿不能完整地摘除时，可以切除部分囊壁，清除囊内感染，残余囊壁用碘酊涂抹，以破坏上皮的分泌功能。纵隔支气管囊肿手术后无复发，文献上也无支气管囊肿恶性变的报告。