肾结核大多数是从肺部等其他器官的结核病灶释放出来的，结核杆菌随着血流侵入肾脏。最初９０％的结核杆菌到达两侧肾脏皮质的肾小球，引起粟粒性结核病灶。一般健康情况良好者由于肾皮质有丰富的血液供应，随着血液进入该处的大单核细胞、吞噬细胞等可以消灭、限制结核杆菌的生存和繁殖，结核大多数能自行痊愈。所以在肾皮质早期结核病不出现临床症状，有时仅在尿中查到结核杆菌，此时称为“病理型肾结核”。如患者全身或局部抵抗力降低，结核杆菌可经肾小球滤过到肾小管，在肾髓质层停留，该处血流缓慢，血循环差，易形成结核病灶，因而病变经肾小管、淋巴管直接蔓延到肾乳头，穿破肾乳头到肾盏、肾盂，发生结核性肾盂肾炎、输尿管炎、膀胱炎等，表现出临床症状。
所以，凡是青壮年男性出现慢性膀胱炎的症状，都要考虑有肾结核的可能。