厦门大学医院内科是一个包括医疗和保健功能的综合性科室。主要开展呼吸科、消化科、心血管、内分泌、神经内科、肝科。 　　目前配备的先进设施：PENTAXEG—2940K电子胃镜、OLYMPUS、GIF、XQ30纤维胃镜、光动力、氩离子激光、微波治疗仪、14C-尿素微量白蛋白测定仪、脑电图及脑地形图检查仪、胰岛素泵、动态心电图、动态血压仪、肺功能测定仪等。 　　厦门大学医院内科已经开展了糖尿病的C肽测定及尿微量白蛋白测定，糖尿病的胰岛素泵治疗；肺功能测定及对呼吸道疾病的病人应用吸入疗法(QYW-2型药物雾化罐)；心绞痛及急性心梗溶栓治疗；房颤及室上速的药复律及室颤电复律。

厦门大学医院妇产科设施完备，包括新生儿热辐射抢救台、新生儿保暖箱、蓝光箱、电动流产吸引器、多普勒胎心仪、微波治疗仪等。 　　开展妇产科各种手术：古典式剖宫产术、二次(多次)剖宫产术、晚期妊娠子宫破裂修补术、剖宫产术中子宫次全切除术、低位产钳助产术、剖宫产术中全子宫切除术、经阴道子宫肿瘤剔除术、张力性尿失禁整复术、盆腔巨大肿瘤切除术等。

厦门大学医院中医科现有副高级职称2人，中级职称1人。科室兼有针灸、理疗。临床采用中医、中西医结合、针灸、火罐及理疗等方法治疗中医内科、妇科、儿科、男科、男性泌尿性疾病、皮肤疾病以及疑、难、杂症，临床疗效显著。 　　中医理疗拥有先进理疗设备：如三维立体功能腰椎牵引床、颈椎牵引椅、微波治疗仪、神灯等，尤其适合骨质增生、椎间盘突出、腰腿疼痛、软组织损伤等，具有消炎、镇痛、促进血液循环之功效。

厦门大学医院眼科配备优良：有Leica手术显微镜、BAUECH Lomb双泵超乳化仪、Odm眼科A/B 型超声彩断仪、Canon全自动眼压计、YZ角膜曲率计。 　　对包括青光眼、斜视、网脱、眼科肿瘤在内的各种眼科疾患的诊治效果良好。白内障超声乳化术达到先进水平。