新华医院口腔科建于50年代，是一个集医疗、教学、科研于一体的综合性口腔疾病诊治专科，诊疗设备先进、治疗项目齐全，并具有良好的口腔医疗教学经验和传统。现有口腔执业医师21名（其中博士学位3名，硕士学位12人名；主任医师1名、副主任医师8名），技师3名，护士12名。临床主要承担口腔外科、口腔内科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔种植以及儿童口腔等专科诊疗。教研室是上海交通大学医学院口腔医学院硕士培养点 。
　　口腔科主任，学科带头人吴建勇教授，同时担任上海交通大学口腔医学院口腔医学系副主任，中华口腔医学会正畸专业委员会常务委员； 中华口腔医学会教育专业委员会委员，教育部、国家卫生计生委全国高等学校研究生口腔正畸专业“十二五”规划国家级数字教材《口腔正畸学》编委，主编专著2部，是美国Tweed口腔正畸研究教育中心及中国Tweed中心教官，美国凯斯西储大学（Case Western Reserve University）牙学院客座教授，世界正畸联盟（WFO）会员，美国正畸学会（AAO）会员。
　　口腔正畸学是新华医院口腔科的重点亚学科，正畸学科现采用直丝弓矫治器及标准方丝矫治器、无托槽隐形矫治器等矫治器应用经典方丝弓矫治技术精确控制理念，配合国际先进的矫治材料与设备对各类牙齿排列异常包括牙列拥挤、牙性前突及轻中度骨性前突等进行精确矫治。科室还结合新华医院在在儿科疾病诊治的优势，开展了儿童青少年口呼吸引起的牙颌畸形的多学科诊疗门诊；另外还开展了儿童牙颌畸形的早期矫治、牙周病正畸联合治疗，修复正畸联合治疗门诊。
　　科室开展的口腔外科诊疗项目主要为：口腔牙槽外科拔牙术、整畸减数牙拔除术、齿槽骨修整术、各类颌骨囊肿摘除术、各类颌面部的外伤处置，涎腺疾病（舌下腺囊肿、涎腺导管结石等）、小儿复发性腮腺炎的诊治，颞下颌关节病诊治。门诊小手术预约开展各类颜面部囊肿、良性肿瘤以及面部痣、疤痕等局部手术，阻生牙拔除术、埋伏阻生牙拔除术、埋伏多生牙拔除术。小儿颌面部血管瘤的早期干预性治疗。唇舌系带矫正术作为口腔科的特色项目，具有安全，出血少，快捷的特点。
　　口腔内科是治疗口腔常见疾病的基础学科，目前科室主要开展了包括了牙体牙髓病的无痛及微创治疗、疑难根管的显微治疗，更大程度的为患者保留残根、残冠，可以为将来的牙齿修复打下良好的基础；
　　科室还开展了牙周病的序列治疗、牙龈美学治疗、牙周病多学科联合治疗，在保留患者牙齿的同时，更好的恢复患者牙龈的健康，达到“红白美学”的修复效果，让患者的微笑更加自信和灿烂；
　　科室更围绕儿童口腔疾病的诊疗开展了一系列特色项目: 开设了儿童口腔专科门诊，为患龋齿的儿童早发现、早治疗，并积极口腔卫生保健宣教，更好的预防龋齿的发生；口腔粘膜病是科室的重点学科，与儿保科心理门诊联合开展了儿童自伤性溃疡的诊治和对儿童的心理辅导。
　　口腔修复专业近十年的发展迅速,临床诊治水平由普通的活动义齿修复、固定义齿修复，进一步发展为整体设计的复杂的“活动—固定联合修复”，各类精密修复体的设计应用于临床，诊疗人次日益增多，医疗水平和质量不断提高。近年来，配置了牙科三维CT设备，和CEREC 3D椅旁全瓷修复系统，都为高质量的修复技术全面的展开创造良好的基础，全瓷技术、口腔种植术等已广泛开展。 曾主编和完成卫生部视听教材“附着体义齿”。自2005年（上海市）、2006-2009年口腔教研室已主办“牙列缺损修复，牙合与TMD”等国家级医学继续教育学习班5期，2011-2012继续主办国家级继续教育学习班“CEREC全瓷修复技术的临床应用”。