眼科是重庆市中医重点专科，全国残疾人社区低视力康复示范中心，重庆市白内障定点复明单位，重庆市低视力康复部、残疾人联合会视力残疾康复技术指导中心，重庆市中西医结合学会眼科专业委员会所在地。
　　科室设住院部1个（南桥寺院部），每日开设专科门诊2个（南桥寺院部、道门口院部）。设有病床40张，具备结构合理的眼科专业人才队伍，其中高级职称者3人，眼科硕士研究生5人，在读研究生2人，是一个集医疗、科研、教学为一体的具有较大规模的以中西医结合为特色的综合科室。
　　设备技术：科室诊疗设备先进，拥有玻璃体显示增强功能的眼A/B超声、角膜地形图、非接触眼压计、免散瞳眼底荧光血管造影及眼底图像采集系统、电脑验光仪、电脑全自动视野检查仪、综合验光台、眼前节裂隙灯数字照像机、多焦电生理检查仪、角膜测厚仪、干眼计、角膜内皮细胞检查仪、美国白内障超声乳化仪 、眼科专业手术显微镜、法国光太眼底激光（577纯黄激光、532绿激光）、光学相干断层扫描诊断系统（OCT）、离子导入治疗仪、超声波雾化治疗仪等。
　　开展手术：常规开展眼睑整形手术，泪囊手术（泪道植管、鼻内窥镜下泪道手术），斜视手术、角膜翼状胬肉切除联合角膜缘干细胞移植术、眼球摘除并义眼台植入、青光眼手术、激光前房成形术、白内障手术、眼底激光、视网膜脱离手术等。
　　特色治疗：在继承发扬传统中医眼科学基础上，引进和运用现代眼科先进技术，开展多种特色疗法：
　　1、中西医结合眼底病治疗：特别是糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑病变（俗称老年黄斑变性）、高度近视脉络膜视网膜退变、中心性浆液性脉络膜视网膜病变、前部缺血性视神经病变、视网膜静脉阻塞、视神经病变、视网膜血管炎、玻璃体积血或混浊、各种原因引起的黄斑水肿及视网膜色素变性等眼底疾病，疗效显著；
　　2、中西医结合眼表病治疗：特别是睑缘炎、急慢性结膜炎、病毒性角膜炎、角膜溃疡、干眼症、视疲劳、干燥综合征等疾病，我科采用中药雾化、人工泪液、自家血清、绷带接触镜、羊膜移植及自体结膜移植等多种治疗方式，取得独特疗效；
　　3、中西医结合治疗青少年屈光不正、斜弱视等，包括脑视觉与认知康复训练、耳穴压豆、中药、穴位注射、眼部针灸、高透氧硬性角膜接触镜（RGP）、角膜塑形镜的验配等；
　　4、中西医结合治疗眼睑痉挛和外展神经麻痹、动眼神经麻痹、滑车神经麻痹引起的上睑下垂、眼睑闭合不全、眼球运动受限、面瘫等神经障碍性疾病；
　　科室以“明亮双眼看世界健康生活每一天”为服务理念，始终站在现代眼科诊疗技术前沿，以精湛的技术、一流的设备服务人民群众，竭诚为眼疾患者打开清晰美好的视界。
　　假日门诊：青少年近视、斜弱视专科门诊（每周六、日上午）：综合验光配镜、耳穴压豆、中药灸疗、针刺穴位及脑视觉与认知康复训练治疗青少年近视、弱视等。