广州儿童医院肿瘤专科组建于2003年4月。是近年来医院建立的新专业之一，也是在全省率先建立的治疗儿童恶性实体瘤专业之一，病区设立在内七，也称“血液肿瘤病区”。肿瘤专科主要进行各种实体瘤的化疗，包括术前新辅助化疗、术后辅助化疗、姑息化疗及恶性淋巴瘤的根治性化疗。其中，以与外科协作进行术前新辅助化疗和术后辅助化疗为主。从事肿瘤专科的医生包括了儿内科基础好、经验丰富、经过儿童肿瘤专业进修的儿内科副主任医师和小儿肿瘤专业硕士毕业的主治医师。同时，该院专业配套，可处理各种肿瘤及其治疗所引起的危重并发症。

　　专业成立两年多来，在该科接受化疗的患儿约三百人次。各个年龄组的病人均有，包括小婴儿在内，年龄最小的才四个月（目前全省只有该院开展婴幼儿化疗），收治病人中大多数是晚期肿瘤病人，约占化疗病人的60%。收治瘤种覆盖了儿童恶性实体瘤中的大部分。包括：神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、肝母细胞瘤、恶性淋巴瘤、各种软组织肉瘤（横纹肌肉瘤、脂肪肉瘤、滑膜肉瘤、尤文氏肉瘤等）、视网膜母细胞瘤、恶性畸胎瘤和睾丸、卵巢恶性肿瘤等。他们所采用化疗方案多与先进国家的儿童肿瘤协作组或中心接轨，例如：肾母细胞瘤采用美国NWTS-5方案；非何杰金淋巴瘤采用德国BFM方案；横纹肌肉瘤采用美国IRMS-IV方案等。治疗时除了采用目前先进并且公认的化疗方案外，他们还根据病人病情，设计“个体化”的综合治疗方案。例如，介入治疗和术中化疗等。经他们治疗，大部分病人疗效满意，绝大部分患者病情PR（部分缓解）或CR（完全缓解），目前生存在访人数约占治疗人数的85%，得到了患儿家长的认可。