杭州市第三人民医院肛肠科，是浙江省近年来发展迅速的特色专科之一。
　　杭州市第三人民医院于1976年开设肛肠特色治疗，于1991年初正式成立肛肠科。经过20余年的艰辛创业与开拓创新，目前已成为市三医院继皮肤专科之后的第二个特色专科和特色服务品牌，是浙江省医学重点（扶植）学科，浙江中西医结合重点专科，杭州市医学重点专科（Ⅰ类），浙江省中西医结合肛肠病诊疗中心，浙江省中西医结合便秘诊疗中心，杭州市肛肠病诊疗中心，浙江省中西医结合肛肠专业委员会挂靠单位，2011年顺利通过国家中医药管理局12.5重点专科评审，成为国家级重点专科。
　　现在肛肠科已发展到拥有85张床位，二个病区，16位医师，其中正高职称3名，副高职称6人，中级职称3名（其中具有硕士学位者8名，博士学位者2名），护理部人员36人。目前肛肠科已成为一个结构渐趋合理、技术力量强、年轻而富朝气的特色专科。前来就诊的患者日益增多，包括日本、新加坡、西班牙、台湾、香港等地区的患者也慕名而来，医疗业务量逐年上升。
　　经过二十余年的不懈努力，肛肠科取得了显著的成绩。目前已完成省市各级课题20余项，在研课题10余项，包括国家自然科学基金2项，获省市医药卫生科技创新奖7项，杭州市科技进步奖1项。连续2次成功承办大型国际便秘会议，连续8年每年举办省级及国家级继续教育学习班，受到学员的好评，接收省内外进修医师100余人，培养研究生17人，指导省内7家医疗单位开展肛肠病的诊治工作。
科室设备：
　　科室拥有近千万元的先进的诊疗设备，包括最新电子变焦肠镜、经肛门内镜显微手术系统、生物反馈治疗仪、肛门测压仪、肌电图仪、大肠水疗仪、Ligasure结扎速手术设备、中药熏洗仪、微波治疗仪等等。科室病房条件优良、设施先进，拥有全省唯一的熏洗式智能马桶，便于肛门部手术患者术后的清洁、熏洗。
特色诊疗：
　　为了与国内外肛肠病诊疗先进技术水平保持一致，科室不断实现科技创新，扩大诊疗范围，除传统的痔、瘘、裂、脱等肛肠疾病，将下消化道出血、各类便秘、大肠肿瘤、肠梗阻、炎性肠病等纳入到该科的治疗范围之内，并将大肠肿瘤、便秘作为学科重点发展方向。目前科室能够开展各类大肠肿瘤手术，特别是超低位直肠癌保肛手术、全结肠切除回肠贮袋肛管吻合术，在浙江省内率先开展经肛门内镜显微手术（TEM术），现为省内完成TEM手术最多的单位；在中西医结合便秘的诊疗方面具有特色，便秘检查手段省内最为齐全，药物、生物反馈、手术等便秘的综合治疗技术水平居省内领先。同时开展了内镜下诊疗项目，特别针对广基大息肉，实施EMR/ESD术，疗效良好；积极发展微创技术，开展腹腔镜结直肠肿瘤切除术。在重度环状混合痔、高位复杂性肛瘘、直肠脱垂等疑难疾病的治疗上具有较大优势。