新生儿科分为新生儿内科和新生儿外科。
　　新生儿内科病房已成为东北地区乃至全国的新生儿诊治急救中心。在国内率先研究新生儿硬肿症发病原因和治疗，使本病的死亡率从80年代初的30%~50%降至4%以下，其成果编入高校教材；率先开展呼吸机治疗肺出血、呼吸窘迫综合症、胎粪吸入综合症及休克病人的呼吸支持，治愈率可达到90%以上为全国新生儿呼吸机应用常规的制定单位；率先开展新生儿肺功能的检测及极低体重儿和超低体重儿的十二指肠喂养技术；为新生儿缺氧缺血性脑病临床诊断分度标准制定单位，在国内率先开展缺氧缺血性脑病的磁共振检测工作，率先在东北地区开展了重危新生儿转运，转运范围从市内扩大到省内；开展应用肺表面活性物质治疗呼吸窘迫综合症、急性肺损伤伴肺动脉高压症患儿，使早产儿RDS和胎粪吸入综合症病死率明显降低。重症监护病人占20%~30%，死亡率7.2%、 1500g以下极低体重儿成活率及危重症抢救成功率为90%以上。轰动国内外的93年暴发型新生儿柯萨奇病毒感染的抢救及98年六胞胎婴儿的成功救治反映了病房的综合实力。
　　新生儿外科于1985年正式成立。现有教授1人，副教授2人，住院医生1人，收治患儿的年龄在出生至生后6个月以内。病种包括各种新生儿及小婴幼儿期发现及发病的各种先天畸形，肿瘤，急症，感染，外伤，骨折等。先天畸形主要为先天性食管闭锁、肛门直肠畸形、肥厚性幽门狭窄、肠闭锁、先天性巨结肠、肠旋转不良、环状胰腺、腹裂、脐膨出、肠重复畸形、胸腹裂孔疝、脊膜膨出等及胸腹腔、体表肿瘤如畸胎瘤、血管瘤等。目前治疗水平已达国内领先，国际先进水平。本科室还承担新生儿外科的教学及科研工作，是博士、硕士培养科室。承担多项国家自然科学基金及省重点学科建设课题研究。